为验证“误用之害”，李时珍又做了一组试验：让“风寒无汗”者服根汤，果然汗不出，风寒更甚；让“自汗”者服茎汤，果然汗更多，体更虚。“此非草之过，是用者不分茎根之过，”李时珍痛心道，“陶弘景虽言‘根节能止汗’，却未强调‘茎根必分’，难怪医者出错。”
他遍历湖广药市，发现十有八九的药商将茎根混卖，甚至有“去茎留根充发汗药”的乱象。李时珍当即请蕲州知府贴出告示：“麻黄茎、根功效相反，茎主发汗，根主止汗，药商需分售，医者需分用，违者治罪。”
有个汉阳医者，不信其说，仍用带根全草治“风寒无汗”，病人果然汗出不畅，咳喘加重。后按李时珍之说，单用茎秆，才汗出病愈，医者叹：“李公把麻黄的‘阴阳脸’画出来了，茎是阳，根是阴，认错了脸，药就成了毒！”
李时珍在《本草纲目》草稿上写下：“麻黄茎发汗，根止汗，盖其性相反如此。”并着重批注：“用茎则去根节，用根则去茎苗，若混同用，非治病，是添乱。”他还引用陶弘景“根节能止汗”的说法，补注：“弘景言其根止汗，然未明言茎根之反，今验之，信然。”
第二章：功效拓新境，通阳治百病
嘉靖四十七年，李时珍在湖南永州行医时，遇一“赤目肿痛”的老秀才，眼白赤红如血，畏光流泪，用常规清肝药无效。当地老妪说：“用麻黄茎煮水熏洗，再内服，能消红肿。”
李时珍半信半疑，取麻黄茎三钱，一半煮水熏眼，一半煎服。秀才连用三日，红肿渐消，畏光减轻。“此为何故？”李时珍沉思，想起《黄帝内经》“肝开窍于目，寒邪郁肝，可致目赤”，麻黄能通阳散寒，肝阳得通，目赤自消。
他又用此法试治十数例“风寒郁滞型赤目”，皆效，遂在案中记：“麻黄茎，能散赤目肿痛，因风寒郁遏肝阳者宜之。”
同年，蕲州爆发“水肿”，患者多“一身悉肿，按之凹陷，恶风无汗”。李时珍用麻黄茎配生姜皮、白术，治一个“水肿兼咳喘”的农夫，农夫汗出尿增，三日肿消，印证了“麻黄利水消肿”。他进一步发现，若水肿兼“产后血滞”（恶露不畅），加当归、益母草，既能利水，又能活血，有个产妇用此法，肿消而恶露畅，叹：“这药能治水，还能通血，真神！”