咸安二年（372 年）春，司马昱发现自己成了 “人肉传声筒”。桓温在姑孰遥控朝政，他每天批的折子，不是 “准奏” 就是 “依桓温所请”。唯一的反抗，是在诏书中加了句 “强寇未殄，劳役未息，华饰烦费之用皆省之”—— 可惜桓温根本不在乎，该修的宫殿照修，该加的军饷照加。
六月，荧惑再次入太微，他把郗超叫进内殿：“当年海西公被废，也是此星象，如今又来，卿能保朕无虞乎？” 郗超跪下说：“大司马方致力于北伐，必无他意。” 他苦笑：“北伐？他不过想借废立立威罢了。” 想起去年桓温在白石屯兵，自己带着酒肉劳军，桓温却连正眼都不看，就知道这 “君臣相疑” 的戏，早该收场了。
七月，立完太子司马曜的第二天，司马昱突然病倒。临终前想见桓温，使者往返三次，桓温都称病不来。他对着空殿喊：“丞相若来，朕尚可托孤；若不来，遗诏亦无用矣。” 最终只能写下 “桓温辅政，依诸葛亮、王导故事”，把江山交给这个既忌惮又依赖的权臣。咽气前，他望着殿角的蜘蛛网，突然明白：自己这一辈子，看似在清谈中躲躲藏藏，实则从未逃出权力的罗网。
史臣说他 “神识恬畅，而无济世大略”，其实冤枉了他。在桓温的刀锋下，在门阀的夹缝中，能保住晋室香火，能让桓温至死未敢篡位，已是这位 “玄学皇帝” 最大的政治智慧。当他的灵柩送出建康城，桓温望着棺木长叹：“若先帝在，吾岂敢至此？”—— 这大概是对他最大的肯定，也是最深的讽刺。
咸安二年（372 年）七月，建康宫的蝉鸣格外刺耳。十岁的司马曜跪在简文帝灵前，手里的孝杖比他还高。三天前，他还是会稽王世子，如今却成了东晋的皇帝。望着台阶下桓温的甲士，他想起父亲临终前的话：“儿啊，谢安伯伯可托，桓温叔叔不可信。”
宁康元年（373 年），桓温来朝，司马曜躲在太后身后，看见这位 “大司马” 的胡须上还沾着北方的尘土。桓温要九锡之礼，谢安却拖着不办，说 “遗诏未及”。他不懂九锡是什么，但看见桓温气得摔玉板，就知道谢安在保护他。同年七月，桓温病死，他躲在宫里画了幅《猛虎坠崖图》—— 压在头上的大山，终于倒了。