罗伊斯离去时的狠话，终究成了预言。三年后，西洋诸国以贸易受阻为由，组成联合舰队陈兵东南沿海。更棘手的是，朝中部分大臣因曾与罗伊斯暗中往来，竟上书主张割地赔款，以保太平。
小燕子和尔泰虽已远离朝堂，却无法坐视不理。尔泰主动请缨，重披战甲奔赴前线；小燕子则留在京城，凭借在江湖与民间积累的人脉，组建了一支由商贾、侠客、能工巧匠构成的“民间后援团”。她广发英雄帖，召集精通机关术的能人异士，日夜改良火器，赶制战船图纸。
一日，小燕子在查看新制的连环弩时，发现图纸上的机关构造竟与罗伊斯带来的机械钟原理相通。她突然意识到，这些西洋人早在求亲时，就已在为侵略做准备。
就在战事胶着之际，京城突发瘟疫。太医院束手无策，谣言四起，称这是西洋人施的“诅咒”。小燕子不顾危险，带着民间医师深入疫区。在调查中，她发现瘟疫源头竟是城郊一口水井，水中检测出西洋特有的药草成分——有人蓄意投毒！
追踪线索时，小燕子与神秘黑衣人狭路相逢。交手间，她扯下对方面罩，赫然是个西洋面孔的传教士。严刑逼供下得知，此人是罗伊斯安插的暗桩，投毒意在扰乱后方，配合前线进攻。而更令人心惊的是，朝中那位主张议和的大臣，竟是这场阴谋的内应。
尔泰在前线遭遇敌军新式战舰，炮火凶猛，清军节节败退。关键时刻，小燕子带着改良后的火器与战船设计图亲临战场。她与尔泰并肩站在船头，指挥舰队以灵活阵型穿插敌阵，新式连环弩与火炮齐发，打得联军措手不及。
罗伊斯亲自登上旗舰督战，看到船头的小燕子时，目眦欲裂：“宁燕公主，你以为凭这些小把戏就能赢？”话音未落，小燕子却露出狡黠笑容：“王子殿下，你漏算了一件事——民心。”
随着信号烟花升空，无数民间商船突然从海岸线冲出，船上装满易燃物。这些由渔民、商贾自发组成的“火船队”，借着风向冲向联军舰队。熊熊烈火中，罗伊斯的旗舰轰然爆炸，他在火光中不甘地咆哮，最终葬身火海。