建武十六年（公元40年 庚子年）
春天，二月，征侧和她妹妹征贰起兵造反，九真、日南、合浦等地的蛮俚各族都响应她们，一共攻占了六十五座城池，征侧自立为王，把都城定在麊泠。交趾刺史和各郡太守只能勉强守住自己的地盘。
三月辛丑日是月底，发生了日食。秋天，九月，河南尹张汲以及十几个郡守都因为丈量土地不实，被关进监狱处死。后来刘秀不经意间对虎贲中郎将马援说：“我很后悔之前杀了那么多郡守、国相啊！”马援回答说：“他们死得其所，哪算多呢！只是人死不能复生罢了！”刘秀听后大笑。
各地郡国盗贼纷纷四起，郡县派兵去征讨，官兵一到盗贼就解散，官兵一走又重新聚集，青州、徐州、幽州、冀州这四个州的情况尤为严重。冬天，十月，刘秀派使者到各郡国，允许盗贼们互相检举揭发，五个人一起斩杀一个盗贼的，就免除他们的罪行；官吏就算有停留不前、回避躲闪、故意放纵盗贼的情况，也都不再追究，只看他们抓捕盗贼的成果。那些州牧、太守、县令、县长，所在辖区内有盗贼却不抓捕，或者因为害怕而弃城逃跑的，都不追究他们的责任，只以抓获盗贼数量的多少来评定政绩优劣，只有隐瞒盗贼情况的才会治罪。于是各地官员纷纷互相追捕盗贼，盗贼们就此解散。刘秀把盗贼的首领迁徙到其他郡，分给他们土地，提供粮食，让他们能够安居乐业。从这以后，牛马在外放牧都不用人看守，城镇的大门也不用关闭。
卢芳和闵堪派使者来请求投降，刘秀封卢芳为代王，闵堪为代国的相，赏赐丝织品两万匹，还让他们去和匈奴讲和，让匈奴安定下来。卢芳上疏表示感谢，说自己思念朝廷，渴望能到朝廷朝见；刘秀下诏回复卢芳，让他明年正月来朝见。起初，匈奴听说汉朝悬赏捉拿卢芳，贪图钱财丝帛，所以把卢芳送回来投降。之后卢芳却把主动归附当作自己的功劳，不提是匈奴送他回来的，单于也觉得说出自己的计谋很丢脸，所以汉朝的赏赐就没有给匈奴。匈奴因此非常怨恨，入侵汉朝边境更加频繁深入。
马援上奏说应该像过去一样铸造五铢钱，刘秀听从了他的建议；天下人都因为五铢钱的流通而得到便利。
卢芳前来朝见，走到昌平的时候，刘秀下诏让他停下，让他改在明年再来朝见。
建武十七年（公元41年 辛丑年）