第三在思想政治建设上周亦云周亦云认为第一师团不能仅仅的作为u一直单纯的军队骂他还应该由更重要的责任，在玉桂寺会议上，周亦云批判了一些党员干部的单纯军事观点认为，大阪革命的成功会造成日本统治阶级的震动，在全国揭竿而起的的形势下，日本反动政府很快会被推翻、在大阪笠置伏击战中，整个第2联队第1大队第4中队极端的民主化导致了天照御门神社的惨烈白刃战，让33联队差点未能全歼，所以我们一些崇尚极端民主化的同志应该立即认识之际的错误，吸取教训避免极端民主和非组织观点。
在会议上周亦云云还明确表示日本红军的军队性质的执行革命的政治任务的武装集团，必须服从日本共产党的领导。坚决不允许有以下克上的情况发生，他不断强调党对军队的绝对领导并且在一次重申了支部建在中队上，各级党组织需发挥核心作用。还规定党的会议须讨论军事工作，军事首长必须服从党的决议。
同时还规定了日本红军的三大任务打仗（军事斗争），筹款（经济保障），做群众工作（宣传、组织群众，建立政权），规定工农红军必须遵守三大纪律、八项注意，当然在内容上有·一些变化，但是3条铁律是没有任何变化的，一切行动听指挥，不拿群众一针一线，一切缴获要归公。
鉴于有很多的士兵，在行军过程中，或者宿营的时候悄悄的逃跑，虽然大部都被抓了回来但是周亦云鉴于日本的识字率很高，周亦云提出我们必须对着干部进行教育，不能让歪风邪气腐蚀军队，不愿意根着走的人和俘虏全部发放路费让他们回家。
党内批评要防止主观武断的批判要注重证据，强调教育为主、惩办为辅，并且要有充分的调查和报告，在会议的最后经过全体党员的投票，明确为工人农民而战的根本宗旨。
玉桂寺整编，构成了政治建军的基石，解决了农村环境下党的建设问题，通过思想建党，确保以农民为主的党员队伍的无产阶级先进性，为革命胜利提供保障
从此在共产党的领导下日本出现了一支历史上没有出现过的新型人民军队，为农村包围城市道路奠定组织基础，玉桂寺整编也有效解决了在日本反动派异常强大的时候，日本工农红军的前进的道路。