其中以舒尔哈齐打仗特别勇猛，成为了兄长努尔哈赤的得力助手和主要战将，在军队里的地位仅次于努尔哈赤，舒尔哈齐两人“皆多智习兵，信赏必罚”，是公认努尔哈赤部队的二把手。
但是随着后金的势力不断地壮大，舒尔哈齐的部队越来越多，权力越来越大，努尔哈赤感觉到了威胁，开始逐渐刻意打压舒尔哈齐。
但真正让兄弟二人的隔阂达到了高潮的事情，在万历年间，因为努尔哈赤的后金已经站稳脚跟，已经是辽东一大势力了，有资格去北京觐见明朝万历皇帝了，当时就是舒尔哈齐带领使团前往北京的，当进入紫禁城的时候，给舒尔哈齐带来了极大的震撼，就好像是一直生活在西北山村里的傻小子，第一次进入魔都一样。
而在北京的这段时间，明朝官员明里暗里的挑拨他和努尔哈赤的关系，让舒尔哈齐对哥哥努尔哈赤生出了一丝不满。
舒尔哈齐在这次行程中可谓大开眼界，从那次以后，见了世面的舒尔哈齐就有了自立门户的想法。
当时李成梁看出的舒尔哈齐的心思，所以就主动去扶持舒尔哈齐，有意无意打压努尔哈赤。
毕竟舒尔哈齐也是李成梁义子，在李成梁那里生活过很长时间，再加上现在被努尔哈赤打压，心里不痛快，于是舒尔哈齐就积极向李成梁靠拢，并且透露出自己谋求自立的想法，李成梁得知后，自然大喜，这样就能大大的削弱后金的势力，于是开始着重拉拢舒尔哈齐。
李成梁先安排儿子李如柏娶了舒尔哈齐的女儿做妾，通过联姻方式来增进两家的交情，而舒尔哈齐的妻子去世的时候，李成梁父子俩也带了厚礼亲自前来祭奠。
一来二去，舒尔哈齐感觉到了大明朝廷对他的支持态度，于是坚定了他背靠明朝，建立属于自己的女真部落，这就是要和努尔哈赤分家了。
面对弟弟舒尔哈齐开始明目张胆地扩张势力，努尔哈赤也开始撕开伪装，在明面上打压弟弟。
1599年，努尔哈赤讨伐哈达部，但是舒尔哈齐怀疑城中有伏兵，出兵的时候有点拖拖拉拉，努尔哈赤就故意当着众将士的面，大声斥责弟弟舒尔哈齐胆小，大大的落了舒尔哈齐的面子。
这自然惹得舒尔哈齐非常的不高兴。
最终让二人反目成仇的事情就是跟随李成梁去北京勤王，攻打王鼎，结果被琪琪格带队抄了锦州，断了归路。
李成梁被迫南下天津，结果在碣石山被王鼎追上，战败投降。
而努尔哈赤舒尔哈齐两兄弟，却想独自北返结果被堵在辽西走廊进退不得，最后不得已抛下所有战马铠甲，轻装突破福余卫和广宁卫，千辛万苦才回到赫图阿拉。
两人这次出征一万人回来不过六千，丢失了大半盔甲，元气大伤。
但是因此两人却空前团结起来，利用李成梁南下前，将辽北地区女真各个部落的士兵抽调一空的机会，连续攻破了朵颜三卫，海西女真，击败了喀尔喀蒙古，几乎统一了整个辽北地区。