从此，这个名叫觉庆的和尚不知所措地踏上了一条除了任人摆布就是逃亡的命运。后来他写了一首汉诗，表达他平生无尽的哀愁：“落魄江湖暗结愁，孤舟一叶思悠悠。天公亦怜吾生否？月白芦花浅水秋。”
痛失了兄长义辉，又失去了弟弟周暠和周皓之后，这个自幼被送去剃头的和尚不再叫觉庆。永禄九年二月十七日，觉庆还俗，改名义秋。在甲贺的惟政和伊贺的义政斡旋下，六角父子同意让义秋住进野洲之村落，在此号召天下。然而义秋等了很久也不见有能够协助他上洛的诸侯出现。他兄长那位绰号“越后之龙”的好友每当要出兵上洛，就被我家那位大膳大夫信玄搅局、死死拖住后腿。身为关东管领、声言一生忠于义辉将军的“越后之龙”谦信公，最终一事无成。
永禄十年十二月义秋移居越前，住进义景家族给他提供的一乘谷，栖身于安养寺。义景连日举办宴席盛情款待，丝毫没有着急上洛的样子。其实义景正为越前的一向一揆烦恼，同样也无力上洛。永禄十一年，义秋在越前举行元服礼，由义景给他加冠，宣示成年。并且认为“秋”字不吉利，改名义昭。义景家臣光秀为他奔走四处，最后建议寻求信长的帮助。心急火燎的义昭于是请求信长出兵。次年，清洲军护送他顺利上京，三好三人众退出京都。朝廷封义昭为征夷大将军，同时叙从四位下的官位。流放对暗杀义辉持纵容态度、怂恿皇廷封义荣为将军的前久大人。
然而信长有他自己的想法，他不愿再恢复旧时代。最终被信长放逐后，虽然室町幕府已经灭亡，义昭却不愿就此善罢甘休，他要重新上洛。义昭依然长期保持着征夷大将军的官位，痛失了好朋友义继之后，他移驻纪州的兴国寺，依然保持着被流放以前的权威，甚至对京都五山的住持还有任命之权。为避清洲军追击，又移驾到辉元辖下之地，在一个名叫“鞆”的地方开设流亡幕府，史称“鞆幕府”。
此前辉元家族并没有要与信长为敌的意向，他们只是派遣了安国寺惠琼，去充当信长与义昭之间的交涉调停。在信长麾下的秀吉与惠琼进行和平交涉期间，义昭由若江城逃难。后来信长倒是对义昭回归京都之事作出了承诺，义昭却得寸进尺向信长提出归还人质的要求，结果交涉破裂。之后义昭向惠琼表达了想去辉元领地的希望，但被惠琼拒绝。原因很简单，如果接受了义昭的投靠，辉元家族必将引来杀身之祸。自感无法再麻木下去的义昭乘船冒险，突然进入辉元辖下之鞆地，这一步险棋就迫使辉元家族不得不表明立场认真站队。
义昭向鞆的移动，使一直保持中立的辉元家族迫不得已摆出了反信长的姿态。同年十一月本愿寺显如与辉元家的元春应义昭的要求举兵上洛。信长由此找到了进攻辉元家族的借口，命秀吉、光秀征伐辉元。经过一进一退反反复复的拉锯战，信长势力一步一步地向辉元领地扩张。