当众人接近核心控制室时，地面突然裂开，数十条机械触手破土而出。这些触手表面覆盖着类似鱼鳞的金属片，末端的吸盘能释放腐蚀液体。鲍里斯的机甲率先开火，声波炮在深海中炸出环形波纹，却只将触手炸成碎片，那些碎片很快又重新聚合。
“它们的核心在建筑顶端！”白野通过基因检测仪锁定信号源，“这些触手只是用来拖延时间的！”他带领小队强行突破，途中发现墙壁上刻满了黑莲组织的实验数据，其中一组标注为“星渊计划”的文件显示，黑莲早已将部分基因胶囊发射至近地轨道。
核心控制室内，巨大的环形装置正在运转，其中心悬浮着枚篮球大小的紫色球体——那是所有基因胶囊的控制中枢。白野正要将中和程序接入系统，初代先祖的全息投影突然出现。这次的影像不再是克隆体，而是真正的初代先祖，他身着古朴长袍，眼神中透着悲悯与疯狂的矛盾：“燕家的后人，你以为阻止了地表的计划就能拯救世界？”
投影启动防御系统，无数机械守卫从地面升起。这些守卫的身体由基因污染物质与金属融合而成，子弹穿过躯体后，伤口会迅速愈合。鲍里斯将机甲切换至自爆模式：“我来开路，你去毁掉中枢！”老战士驾驶着轰鸣的机甲撞向守卫群，爆炸的火光在深海中绽放出短暂的光明。
白野趁机冲向控制中枢，将自己的基因数据与中和程序强行融合。剧痛中，他的脑海闪过燕氏家族千年的记忆——初代先祖正是因预见人类的贪婪终将毁灭文明，才与黑莲组织合作，试图用极端手段筛选“合格者”。当程序注入的瞬间，整个建筑群开始崩塌，紫色球体发出刺耳的尖啸。
逃生舱急速上浮时，白野透过舷窗看见，那些金属胶囊正在深海中逐个自毁。但在更遥远的太空，近地轨道上的胶囊群却突然启动，朝着地球大气层坠落。他握紧胸前的孤鹰徽章，知道这场与黑莲组织的战争，即将从深海走向浩瀚星空。而在某个未被探测到的星球上，黑莲组织的幸存者正注视着地球的方向，等待着下一次“文明净化”的时机。