“欢迎来到新世界的摇篮，”克隆体的声音通过水下扬声器传来，“你们以为摧毁几个基地就能阻止进化？这些在太平洋深处孕育的基因种子，已经随着洋流扩散到全球。”他按下终端按钮，培养舱的玻璃开始龟裂，变异胚胎即将涌入大海。
白野冲向主控终端，却被突然升起的能量屏障弹开。鲍里斯举起深水霰弹枪连续射击，能量屏障在声波攻击下泛起阵阵涟漪。李博士则取出从研究所带出的加密硬盘，试图接入系统进行反制，但黑莲组织的防火墙如同铜墙铁壁。
“看那些胚胎的基因链！”李博士突然大喊，“它们的碱基排列和燕氏家族的血脉有共鸣！”白野瞬间明白了她的意思，掏出随身携带的日记残页。当残页接触到主控终端的刹那，整个海底城的灯光转为血红，变异胚胎的扭动开始减缓。
克隆体显然也没想到这一变故，他亲自驾驶着深海机甲冲来。机甲的机械臂展开成巨大的捕网，试图将白野等人一网打尽。鲍里斯将剩余的声波震荡弹捆成炸药包，借着暗流的掩护绕到机甲后方：“白野，我拖住他，你趁机摧毁基因捕集器！”
爆炸的火光在深海中绽放出诡异的橙色。白野趁机冲向基因捕集器核心，将日记残页插入能量接口。随着一阵剧烈的震动，海底城的防御系统开始自毁。克隆体的机甲在爆炸中受损，他疯狂地冲向培养舱，试图手动释放变异胚胎。
千钧一发之际，白野举起火铳，特制子弹穿透克隆体的面罩。在生命的最后一刻，克隆体露出诡异的笑容：“你们以为结束了？初代先祖的意识早已上传至量子网络...”话音未落，海底城的穹顶轰然炸裂，汹涌的海水灌入，将一切卷入深渊。
白野等人在混乱中抓住逃生舱。当他们浮出水面时，太平洋的夜幕下，无数淡紫色的光点正在海面上明灭——黑莲组织的基因污染，早已如星火燎原。而在某个未知的量子服务器中，初代先祖的意识备份发出冰冷的数据流，新的阴谋正在数字世界悄然成型。