白野和伊万诺夫在沙尘暴中艰难前行，终于看到接应直升机闪烁的信号灯。但就在他们接近时，三架黑莲组织的飞行器突然俯冲而下，能量束将地面炸出一个个弹坑。伊万诺夫将白野扑倒在地，自己的背部被弹片划伤，鲜血染红了沙尘。
“我来引开他们，你带着原件登机！”伊万诺夫将最后一枚烟雾弹扔出，浓烟中，他举起火焰喷射器冲向飞行器。白野望着战友决绝的背影，攥紧基因原件容器，朝着直升机全力狂奔。螺旋桨卷起的沙暴几乎将他掀翻，他咬牙爬上悬梯，转身看见伊万诺夫被能量束击中，身影消失在火光中。
直升机拉升的瞬间，白野透过舷窗看到燕小蝶的身影。她被数十个改造人包围，却仍在奋力抵抗。白野想要跳下直升机，却被飞行员死死拉住：“风暴太大，下去就是送死！”
沙尘暴中，燕小蝶的匕首终于脱手。她背靠着沙丘，看着克隆体缓步走来。“你以为毁掉几个基地就能阻止计划？”克隆体举起能量枪对准她的额头，“初代先祖的基因早已上传至卫星网络，无论你们拿到原件与否，‘基因重塑计划’都将...”他的话戛然而止，燕小蝶突然扯开衣领，露出胸前绑着的微型核弹——那是她在地下基地拆解的定时炸弹。
“那就让我们同归于尽吧。”燕小蝶按下引爆器，耀眼的白光吞没了一切。
白野在直升机上痛苦地闭上双眼，怀中的基因原件容器微微发烫。当直升机冲出沙尘暴，阳光刺破云层洒下，他望着下方逐渐平息的沙暴，泪水混着沙尘滑落。远处的沙丘上，黑莲组织的飞行器残骸冒着浓烟，而那个承载着无数秘密的地下基地，已被黄沙彻底掩埋。
三个月后，延安郊外的研究所。白野将初代先祖的基因原件放入特制的保险箱，箱门上贴着燕小蝶和伊万诺夫的照片。窗外，孩子们嬉笑奔跑，他们不知道，就在不久前，人类刚刚躲过一场足以毁灭文明的基因灾难。
白野抚摸着胸前的孤鹰徽章，那是燕小蝶最后的遗物。通讯器突然响起，是莫斯科发来的紧急情报：黑莲组织的残余势力在北极冰层下，发现了初代先祖的完整日记...