白野背着降落伞坠入沙暴，强劲的气流将他吹得偏离方向。他努力调整姿态，在即将触地时释放减速伞。落地瞬间，冲击力让他在沙地上翻滚数米，防风面罩上糊满了沙子。他挣扎着爬起来，发现身边散落着队员们的装备箱，但不见人影。
“小蝶！伊万诺夫！”白野的呼喊被风声吞没。他摸索着打开基因定位仪，屏幕上一片雪花，但隐约传来机械运转的嗡鸣声。循着声音前进，他发现了一个惊人的场景：数百个基因改造人正在沙漠中挖掘，他们的机械手臂如同挖掘机般高效，而在不远处，一台巨大的盾构机正在开凿地下通道。
白野悄悄靠近，利用沙丘作掩护。他注意到改造人后颈的芯片闪烁着不同频率的红光，显然处于不同的控制模式。突然，定位仪发出急促的蜂鸣——燕小蝶的定位信号在东南方向三公里处。
当白野赶到时，看到燕小蝶正被困在流沙中。她的战术背包卡在凸起的岩石上，勉强支撑着不被完全吞没。“别动！”白野解下腰间的绳索，将一端固定在岩石上，慢慢靠近。就在他伸手抓住燕小蝶的瞬间，四周响起机械运转声，十几名改造人从沙丘后现身。
“先对付他们！”燕小蝶将电磁脉冲手雷塞进白野手中。爆炸的蓝光中，改造人动作停滞，但很快有新的改造人补了上来。白野发现，这些改造人的关节处加装了抗电磁装置，普通的EMP武器效果大打折扣。
千钧一发之际，伊万诺夫带着两名队员赶到。他们用火焰喷射器驱散改造人，火焰在沙暴中格外醒目。“我们发现了地下入口！”伊万诺夫大喊，“但黑莲组织在那里部署了能量护盾，需要同时破坏三个供能节点！”
白野看着越来越多的改造人从四面八方涌来，意识到这是黑莲组织故意设下的陷阱。他们不仅要抢夺基因原件，更要将所有人困死在沙尘暴中。他握紧火铳，望着远处若隐若现的盾构机隧道，心中做出决定：“我们兵分两路，一队破坏护盾节点，一队直取基因原件。无论如何，不能让黑莲组织得逞！”
而在地下深处，初代先祖的基因原件存放室内，黑莲组织的高层正在进行最后的准备。巨大的培养舱中，透明的液体缓缓注入，一幅泛黄的日记残页贴在舱壁——那是从神秘持有者手中获得的关键线索，上面记载着激活基因原件的最后步骤。舱门关闭的瞬间，机械合成音响起：“基因重塑计划，倒计时开始。”