如果出现胸中烦躁但不呕吐的情况，去掉方中的半夏、人参，加入栝楼实。
如果口渴，去掉半夏，加入人参、栝楼根。
如果腹中疼痛，去掉黄芩，加入芍药。
如果胁下出现痞塞坚硬的情况，去掉大枣，加入牡蛎。
如果心下悸动，小便不通畅，去掉黄芩，加入茯苓。
如果不口渴但体表有轻微发热，去掉人参，加入桂枝，盖上衣物使身体微微出汗就会痊愈。
如果咳嗽，去掉人参、大枣、生姜，加入五味子、干姜。
【集注】程应旄说：这个方剂用小柴胡来命名，是取它与少阳经相匹配的意思。至于制作这个方剂的宗旨以及药物的加减法，就像所说的“上焦能够通畅，津液能够下达，胃气因此调和”，已经把这些要点都涵盖了。为什么呢？少阳经的经脉沿着胁肋分布，在腹部属阳、背部属阴的分界之间，在体表的邪气想要进入体内，被体内的正气所抗拒，所以就出现恶寒过去发热又来的情况。体表和体内的正气相互抗拒，邪气就留在了分界的部位，所以胸胁会感到胀满难受。人的精神意识因为正邪相互抗拒而昏沉困倦，所以会神情沉默。肝木受到邪气侵袭就会妨碍脾土，所以不想吃东西。胆作为阳木，处在清阳的通道，被邪气郁滞，火气没有地方宣泄，就向上侵犯心脏的部位，所以会心里烦躁。清气郁滞而化为浊气，就会形成痰饮停滞，所以容易呕吐，呕吐之后肝木和心火的郁滞都能得到舒展，所以会有呕吐的表现。这些就是少阳病必定会有的症状，其他那些“或者”出现的症状，是因为少阳在人体属于游走的部位，凡是体表和体内经络之间的空隙，邪气都能够随着这些部位的虚弱而表现出来，是不固定的邪气。根据这些症状，有些好像都是太阳经病所具有的，只是因为在五六天的时候出现，所以就归属于少阳病，只有半表半里的症状同时存在，才是小柴胡汤症。方剂中用柴胡疏泄肝木之气，使半表的邪气能够从外部宣泄出去，黄芩清泄火热，使半里的邪气能够从内部清除。半夏消除痰饮，降逆体内上逆的气机。人参补充长久以来的虚损，帮助生发正气。甘草辅助柴胡、黄芩调和体内和体表的正气，生姜、大枣辅助人参、半夏通达营气和卫气，相互配合，使邪气不会向体内发展而从外部解除。至于那些出现烦躁但不呕吐的情况，是火气已经形成燥热结实并且上逼胸部，所以去掉人参、半夏，加入栝楼实。出现口渴的情况，是燥热已经耗伤了津液并且上逼肺部，所以去掉半夏，加入栝楼根。腹中疼痛，是肝木之气散布到脾土之中，胃中的阳气受到困扰，所以去掉黄芩来安定脾土，加入白芍来抑制肝木。胁下出现痞塞坚硬的情况，是邪气已经停留导致肝木之气壅实，所以去掉大枣的甘腻滞涩，加入牡蛎的咸寒软坚散结。心下悸动、小便不通畅，是水邪侵犯到了心脏，所以去掉黄芩的苦寒之性以免伐伤正气，加入茯苓的淡渗之性来利水渗湿。不口渴但身体有轻微发热，是半表的寒邪还滞留在肌肤，所以去掉人参，加入桂枝来解表散寒。咳嗽的情况，是半表的寒邪侵犯到了肺部，所以去掉人参、大枣，加入五味子，把生姜换成干姜来温肺；虽然有肺寒但不减少黄芩的用量，是担心干姜会助长热气。总之，邪气在少阳经，是体表有寒、体内有热，两种郁滞的情况不能得到宣散，所以小柴胡汤的治疗方法，就是顺应人体气机升降浮沉的规律。