当初，皇帝好几个皇子都夭折了，何皇后生的儿子刘辩，被送到道士史子眇家抚养，称为“史侯”。王美人生的儿子刘协，由董太后亲自抚养，称为“董侯”。大臣们请求立太子，皇帝觉得刘辩为人轻佻，没有威严的仪态，想立刘协为太子，但一直犹豫不决。恰好皇帝病重，就把刘协托付给蹇硕。丙辰日，皇帝在嘉德殿驾崩。蹇硕当时在皇宫内，想先杀掉何进，然后拥立刘协为帝，就派人去请何进进宫，说要一起商议事情，何进接到消息就乘车前往。蹇硕的司马潘隐和何进早就相识，他迎接何进时，用眼神向何进示意有危险。何进大惊，急忙从小路骑马赶回军营，带兵进驻百郡邸，然后称病不进宫。戊午日，皇子刘辩即皇帝位，年仅十四岁。尊称何皇后为皇太后，太后临朝处理政事。大赦天下，改年号为光熹。封皇弟刘协为渤海王，刘协当时九岁。任命后将军袁隗为太傅，与大将军何进一起参录尚书事。
何进掌握朝政大权后，对蹇硕之前算计自己的事怀恨在心，暗中谋划着要杀掉蹇硕。袁绍通过何进的亲信门客张津，劝说何进把所有宦官都杀掉。何进因为袁氏家族世代尊贵受宠，而且袁绍和他的堂弟虎贲中郎将袁术都被天下豪杰所归附，所以很信任他们，并且重用他们。何进又广泛征召有智谋的人士，像何颙、荀攸以及河南人郑泰等二十多人，任命何颙为北军中候，荀攸为黄门侍郎，郑泰为尚书，把他们当作自己的心腹。荀攸是荀爽的侄孙。蹇硕心里疑虑不安，就给中常侍赵忠、宋典等人写信说：“大将军兄弟把持国家政权，如今他们和天下的党人谋划着要诛杀先帝身边的人，消灭我们这些宦官，只是因为我掌管着禁军，所以他们才暂时犹豫不决。现在我们应该一起关闭宫门，赶紧把何进抓起来杀掉。”中常侍郭胜，是何进的同郡人，何太后和何进能得到尊贵和宠幸，郭胜出过力，所以他亲近何家。郭胜和赵忠等人商议后，没有听从蹇硕的计策，反而把蹇硕的信拿给何进看。庚午日，何进让黄门令去逮捕蹇硕，并把他杀了，然后就统领了蹇硕的禁军。
骠骑将军董重，和何进在权势上互相倾轧，宦官们扶持董重作为党援。董太后每次想要干预政事，何太后总是加以阻拦。董太后生气地骂道：“你现在这么张狂，不就是仗着你哥哥吗！我要是让骠骑将军砍了何进的头，就跟翻个手掌一样容易！”何太后听说后，就把这话告诉了何进。五月，何进和三公一起上奏说：“孝仁皇后（董太后）派前中常侍夏恽等人与州郡勾结，聚敛财物，所得都放进了西省。按照旧例，藩王的王后不能留在京城，请把她迁回本国的宫中。”奏章被批准了。辛巳日，何进派兵包围了骠骑将军府，逮捕董重，免去他的官职，董重自杀。六月辛亥日，董太后又忧虑又恐惧，突然去世。从此民间百姓不再归附何氏。
辛酉日，把孝灵皇帝安葬在文陵。何进为了防备蹇硕的同党阴谋报复，称病不进宫参加丧礼，也不去送葬。