建初三年（公元78年，戊寅年）
春天，正月己酉日，章帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台，大赦天下。
马防攻打布桥，把他打得大败，布桥率领一万多部落的人投降，朝廷下诏征召马防回朝。留下耿恭攻打那些还没归服的人，耿恭斩杀和俘虏了一千多人，勒姐、烧何等十三个部落共几万人，都到耿恭那里投降。耿恭曾经因为进言得罪了马防，监营谒者迎合马防的意思，上奏说耿恭不操心军事，耿恭因此获罪被召回关进监狱，还被免去官职。
三月癸巳日，章帝立贵人窦氏为皇后。
当初，在明帝时期，治理虖沱河、石臼河，想从都虑修到羊肠仓，以便开通漕运。太原的官吏和百姓深受劳役之苦，搞了好几年都没成功，累死的人多得数不清。章帝任命郎中邓训为谒者，负责监管这件事。邓训经过仔细考量和规划，知道这件事很难做成，就详细地向章帝汇报。夏天，四月己巳日，章帝下诏停止这项工程，改用驴车运输，每年节省的费用数以亿计，还让几千服劳役的人活了下来。邓训是邓禹的儿子。
闰月，西域代理司马班超率领疏勒、康居、于窴、拘弥的军队共一万人，攻打姑墨的石城，把城攻破了，斩杀七百人。
冬天，十二月丁酉日，任命马防为车骑将军。
武陵漊中的蛮人反叛。
这一年，有关部门上奏，请求让广平王刘羡、巨鹿王刘恭、乐成王刘党都前往自己的封国。章帝天性重感情，不忍心和诸王分开，于是就让他们都留在了京城。
建初四年（公元79年，己卯年）
春天，二月庚寅日，太尉牟融去世。
夏天，四月戊子日，章帝立皇子刘庆为太子。
己丑日，改封巨鹿王刘恭为江陵王，汝南王刘畅为梁王，常山王刘昞为淮阳王。