一天，法海趁许仙来金山寺进香的时候，将许仙强行扣留了下来。许仙被关在金山寺里，非常想念白素贞，而白素贞在家中焦急地等待许仙归来，却迟迟不见人影。小青四处打听，才知道许仙被法海和尚抓走了。白素贞心急如焚，她带着小青来到金山寺，请求法海和尚放了许仙。
白素贞苦苦哀求法海：“大师，我与许仙真心相爱，我虽为蛇妖，但从未有害人之心，还请大师放了我的官人。”法海却不为所动，他站在金山寺的大门前，双手合十，说道：“人妖相恋，违背天理，你还是快快离开吧，否则休怪我不客气。”
白素贞见法海如此顽固，心中的怒火渐渐升起。她深知如果不采取强硬手段，是无法救回许仙的。于是，她和小青一起施展法术，召唤来西湖的水族。刹那间，虾兵蟹将、鱼精蚌怪纷纷赶来，聚集在金山寺周围。白素贞一声令下，水族们开始向金山寺发起进攻。
法海也不甘示弱，他站在金山寺的高处，口念佛经，施展佛法。只见金山寺周围突然出现一道金光，形成了一道屏障，水族们的攻击都被这道屏障挡了回去。白素贞见状，加大了法力的输出，她的双眼闪烁着愤怒的光芒。西湖的水在她的法力驱使下，不断地上涨，汹涌澎湃地朝着金山寺涌去。金山寺很快就被水淹没了大半，法海和尚看到白素贞如此疯狂的举动，心中有些慌乱。但他毕竟是高僧，很快就镇定下来，他将自己的袈裟抛向空中，袈裟瞬间变大，挡住了不断上涨的湖水。白素贞和法海就这样僵持着，双方都不肯退让。而此时被关在金山寺里的许仙，看到外面的景象，心中十分担忧。他知道白素贞是为了救他才如此不顾一切，他既感动又害怕。他害怕因为自己而让白素贞受到伤害，也害怕这场争斗会殃及无数的生灵。在水漫金山的过程中，许多无辜的百姓受到了牵连。房屋被冲毁，农田被淹没，到处都是一片汪洋。白素贞看到百姓受苦，心中也有些不忍，但她此时已经骑虎难下，如果不救出许仙，她是不会罢休的。随着战斗的持续，白素贞的法力消耗巨大。
小青看到姐姐有些支撑不住了，想要劝阻她。但白素贞咬咬牙，说道：“小青，我一定要救出官人，今天就算拼上我的千年修为，我也在所不惜。”法海和尚也感觉到自己的法力快要耗尽了，但他仍然坚守着自己的信念。就在双方都处于极度疲惫的时候，观音菩萨突然出现了。观音菩萨慈悲地看着眼前的一切，她对白素贞说：“白素贞，你虽为妖，但心地善良，且与许仙真心相爱。但你水漫金山，已触犯天条，造成无数生灵涂炭。”然后又对法海说：“法海，你虽一心降妖，但也不应如此不通情理。”观音菩萨最终做出了判决，她让法海放了许仙，让白素贞和许仙继续生活在一起，但要求白素贞日后不得再用法力扰乱人间。白素贞和许仙终于团聚了，他们相拥而泣。经过这场劫难，他们更加珍惜彼此之间的感情。而小青也明白了，在人间做事，不能只凭意气，还要考虑到后果。水漫金山的故事就这样流传了下来，它成为了人们口中一段凄美而又传奇的爱情故事，让人们在感叹白素贞和许仙爱情坚贞的同时，也对人妖殊途的观念有了更深的思考