宇宙在微光中缓慢复苏，破碎的星系重组时的璀璨光芒，宛如宇宙的新生赞歌。林羽悬浮在虚空裂缝修复处，调和圣典重新化作古朴的书籍安静躺在他怀中，金色纹路流转着柔和的光，仿佛在诉说着劫后余生的安宁。但他眼底的警惕并未消散，那一双暗红眼睛带来的寒意，仍在他心头萦绕不去。
“林羽！” 凤璃的声音带着虚弱却欣喜，她的身体虽还透着微光，却已能凝聚成人形。她身旁，莱昂正摆弄着新组装的机械义肢，金属关节发出咔嗒咔嗒的调试声，“老子这新手臂的威力，下次再见到那些暗熵怪物，定要把它们碎尸万段！”
林羽微微皱眉，将暗红眼睛和神秘声音的事告知二人。凤璃的翠色火焰突然摇曳了一下，“难道还有比混沌原核更可怕的存在？” 莱昂的手掌重重拍在战斧上，激起一串火星：“管他是谁，来一个打一个！不过... 我们得先把这千疮百孔的宇宙修好。”
三人开始分头行动。林羽穿梭于各个星系，用调和圣典的力量修复受损的时空；凤璃以涅盘之火净化残留的暗熵气息，所到之处，荒芜的星球重新焕发生机；莱昂则带着由幸存文明打造的修复装置，修补那些被撕裂的空间节点。然而，就在他们以为一切步入正轨时，异常悄然发生。
被净化的星球上，原本复苏的生命开始出现诡异变异。植物生长出暗紫色的脉络，动物的眼睛泛起嗜血的红光。林羽赶到其中一颗星球时，正看见一头变异巨兽撕开城市的防护罩，市民们惊恐的尖叫与巨兽的咆哮混杂在一起。“这不对劲，残留的暗熵力量不该有这么强的侵蚀性。” 他展开圣典，却发现金色纹路面对这些变异生物时，竟闪烁不定。
与此同时，凤璃在净化一片星云时，遭遇了一群由暗熵凝聚而成的幽灵战舰。战舰上飘扬的黑色旗帜上，绣着一只暗红眼睛的图案。“原来那些眼睛是某个势力的标志！” 她操控火焰迎敌，却发现这些战舰能吸收火焰的力量，反而变得更加强大。激烈的战斗中，一艘战舰的舱门打开，一个身披黑袍、脸上缠着绷带的身影走出，他的声音冰冷如霜：“平衡守护者？不过是跳梁小丑，宇宙的真正秩序，应由暗熵之主来建立。”