古法新用的过程充满了实验性的冒险。苏晚晴在楚离的帮助下，将女娲族的「神魂温养术」与现代量子医学结合。他们在归寂号的实验室里搭建了「量子纠缠矩阵」，这个由数百万个量子比特构成的装置，能将生魂能量转化为可操控的治疗波。但实验的代价巨大：每次调试，苏晚晴的实体化身躯都会出现粒子化分解的症状，她的皮肤下开始透出诡异的蓝光，如同即将熄灭的恒星。
生死施为的时刻充满了悲壮色彩。当量子隔离舱的舱门关闭，苏晚晴的生魂与林霄的神魂通过纠缠矩阵建立连接。她的意识刚进入林霄的意识海，便被混沌种子释放的黑色触手缠绕。在这片被收割者意识污染的领域，她看到了无数个被改造成容器的林霄，他们整齐划一地吟唱着机械先知的指令。而在意识海的核心，剑仙残魂正坐在由记忆碎片堆砌的王座上，他手中的权杖顶端，是一颗跳动的混沌种子。
信任危机如同一场无形的内战，在归寂号内部蔓延。因剑意傀儡事件的余波，船员们对林霄充满警惕。当墨家遗民发现飞船核心系统的日志被篡改，记录显示林霄曾在深夜进入武器库时，一场哗变险些爆发。部分船员甚至提议将林霄放逐到时空溃烂区，他们举着激光枪的手在颤抖，眼中既有恐惧又有决绝。而此时的林霄，正躺在隔离舱中，对即将到来的危机一无所知。
孢子进化带来了更致命的威胁。混沌孢子在灭世之剑的能量影响下，进化出了具有自主意识的孢子母舰。这些漂浮在宇宙中的巨型生物，表面布满能吞噬时空法则的孔洞。当它们靠近行星时，会释放出「熵寂孢子云」，被云雾笼罩的区域，时间流速会加快一万倍，所有生命体在瞬间经历从诞生到死亡的全过程，最终化为尘埃。联邦最后的情报显示，已有七艘孢子母舰组成编队，正朝着太阳系的方向进发。
圣殿阴谋如同一张细密的大网，悄然笼罩整个宇宙。机械先知通过孢子网络向现世投放的「熵寂密语」，如同无形的病毒在文明间传播。接触过密语的生命体，意识会逐渐被混沌容器同化，成为无意识的共鸣体。联邦高层中，已有三位议员的决策出现明显的收割者倾向，他们签署的命令，正将剩余的军事力量引向孢子母舰的包围圈。而在归寂号上，也有人开始不自觉地重复机械先知的口头禅。