在研究传承秘术时，弟子们发现了更惊人的秘密。阿明用玉笛解析 "百草化神" 传承的光带，竟看到上古医圣与玄阴司初代首领的决战影像 —— 医圣并非用武力取胜，而是以仁心感悟万药，让所有蛊虫自行消解。这解释了为何玄阴司始终无法真正掌控医道，也让他们坚定了 "以医止戈" 的信念。
老艄公在整理航海医案时，意外发现了郑和船队绘制的 "全球药图"。图中标注着南极冰原的 "玄冰莲"、非洲草原的 "复苏树"，甚至月球背面的 "太阴草"。阿桃将此图与传承中的 "天下药舆" 重叠，发现神秘岛屿只是全球药链的冰山一角，而玄阴司妄图控制的 "万蛊之源"，正位于药链的能量节点上。
研究过程中，弟子们也遭遇了玄阴司的干扰。一次丹炉爆炸后，阿桃在残骸中发现了微型蛊虫卵，追查之下竟来自前来学习的西域医师。阿明用 "听音辨蛊法" 检查所有弟子，果然发现三名被 "耳报蛊" 控制的内奸。这次事件让他们意识到，传承研究必须与防御体系同步完善，于是阿虎设计了融合医武的 "悬壶防御阵"，阿明则创作出能净化邪念的《正气歌》。
当第一缕秋风拂过药圃时，弟子们的研究取得了突破性进展。阿桃完成了《南海药经》的编纂，书中记载了 108 种新药材的特性与配伍禁忌；阿虎将战斗心得融入医术，写出《外伤医武精要》，开创了 "以武行医" 的新流派；阿明则整理出《天医音律大典》，证明了 "五音入五脏" 的古老理论；小药童也不示弱，他的《童心医话》用童谣形式记录了百种儿科病症的治疗心得。
在太医院的演武场上，新的训练方法正在推广。弟子们练习 "药气导引术"，用内力感知药材的阴阳属性；演练 "医武十八式"，每一招都对应不同的急救手法；甚至还有 "听药辨症" 的考核，盲眼识别药材的同时，要说出其主治病症。老艄公看着朝气蓬勃的弟子们，独眼中充满欣慰，他知道，悬壶居的医道传承，正在这些年轻人手中，焕发出前所未有的光彩。
深秋的夜晚，阿桃、阿明和阿虎围坐在药圃的石桌旁。阿桃擦拭着新炼成的 "九转还魂丹"，丹药在月光下流转着温润的光泽；阿虎磨着刻满药名的短剑，剑刃反射着药圃的灯火；阿明轻抚玉笛，笛身上新出现的 "全球药图" 纹路在夜色中若隐若现。他们知道，对神秘传承的研究才刚刚开始，而那些炼制出的神奇丹药，不仅是医术的结晶，更是仁心的见证。
"下一站，极北冰渊。" 阿明的笛声划破夜空，带着探索未知的坚定。海风送来远方的呼唤，悬壶太医院的杏黄旗在夜风中猎猎作响，仿佛在预示着，弟子们带着神秘传承的智慧和神奇丹药的力量，将踏上新的征程，去面对更严峻的挑战，去守护天下苍生的安康，让悬壶济世的精神，在传承与研究中，永远发扬光大。