第二层的百家堂里，不同学派的典籍在空中悬浮，彼此和谐共存：儒家的《论语》与道家的《道德经》书页相触，生出"和而不同"的金光；法家的《商君书》旁，《墨子》的"兼爱"二字正散发着柔光；最奇妙的是兵家典籍，《孙子兵法》的"不战而屈人之兵"与《吴子》的"爱民者强"交相辉映，墨迹在空气中凝成"止戈"二字。
楚临风的镇岳戟靠在兵家典籍旁，戟身的战纹与书页共鸣，浮现出文圣批注的兵书："善战者非嗜战，是知战之苦。"他想起剑冢里的破军戟，突然明白文圣的用意——武力与思想从不是对立的，就像战戟能劈开仇恨，文字能缝合裂痕。"原来最好的兵法，是让人明白为何而战。"他指尖点向"不战"二字，字迹化作道光，融入镇岳戟的战纹。
谢无咎的星砂落在天文历法类典籍上，《甘石星经》的书页突然展开，星图与他的星象罗盘完美重合。"文圣将星轨记在书里，是要告诉后人，知识能超越时空。"他指着某页批注，"你看，三百年前文圣就预测到今日的星象，说'星辰有序，人心亦当有常'。"星砂顺着书页流淌，补全了残缺的星图，旁边立刻浮现出文圣的小字："后世有人补全此图，当是知音。"
书院第三层：实践阁（知行合一）
第三层的实践阁里，知识不再是文字，而是能动手实践的技艺：《农桑要术》的书页会飘到田垄图上，指导如何播种插秧；《天工开物》的插图能化作实物模型，教灵兽们搭建窝棚；最令人称奇的是本《医者手记》，里面记载的药方会自动匹配苏玉瑾的药草，标注出最佳的炮制方法。
苏玉瑾的药箱与《医者手记》产生共鸣，书页飞出的药草图谱与他药囊里的药材一一对应。"文圣说，医书不是死的方子。"他指着某页修改痕迹，"这味药原本有毒，文圣批注'减三分火候，增一味甘草'，正是我常用的改良法。"书页突然弹出片干枯的药草，与他药圃里的"化戾草"一模一样，墨迹在草叶上显露出"药解戾气，文化争端"八个字。
萧战在《畜牧要术》前驻足，书页里的插画突然活了：灵猴如何搭建安全的巢穴，白虎如何教幼崽捕猎却不伤及性命，甚至有小熊猫储存食物的技巧。"这些都是灵兽们的智慧啊。"他摸着书页里白虎的画像，画像突然转过头，朝他眨了眨眼，"文圣连它们的生活都记下来了，难怪书里的知识这么管用。"