最后的医道轮回在暗阁总部展开。阁主释放"万毒归墟蛊"，整个地宫弥漫着足以腐蚀灵魂的剧毒。患者们的伤口爬出蛊虫，就连空气中的尘埃都带着致命毒素。苏玉瑾摆开医道五行阵：灵蛇杖指引毒源，焚天鼎炼化毒素，阴阳盏调和药性，回春壶凝聚生机，神农印镇压蛊巢。
当五色光芒汇聚成太极图时，阁主召唤出"混沌毒兽"。这头由万千蛊毒凝聚而成的怪物，身体不断变换形态，喷出的毒雾所到之处，空间都开始扭曲。苏玉瑾咬破舌尖，以血为墨在空中书写医道真言，五件医道至宝同时共鸣，释放出毁天灭地的力量。当"悬壶济世"四字金光大作时，混沌毒兽如冰雪消融，阁主发出不甘的怒吼，化作毒雾逃窜。但苏玉瑾因过度使用力量，七窍渗出黑血，倒在满地毒雾之中。
医仙济世册封大典当日，苏玉瑾在众人的期盼中缓缓起身。当她将神农印按在《医道真经》上时，五件医道至宝同时绽放光芒。灵蛇杖指引迷津，可辨天下之毒；焚天鼎炼化邪祟，能制九转金丹；阴阳盏调和阴阳，可解百毒之害；回春壶挥洒甘露，可续垂死之命；神农印镇压四方，可保世间安康。她在百草谷建立"医仙阁"，用医道五宝的力量救治苍生、对抗暗阁。阁中设有"辨蛊堂"鉴别蛊毒，"炼药窟"炼制解药，"济世殿"救治百姓。
暗阁总部，阁主盯着破碎的蛊虫培养皿，将新炼制的"灭世毒蛊"倒入瓷瓶："苏玉瑾，医仙？等我用这蛊毒毁灭天下，看你如何救人！"他阴冷的笑声中，密室深处的毒池开始沸腾，一股更加邪恶的力量正在酝酿。
而此刻的苏玉瑾站在医仙阁前，望着药田里重新焕发生机的灵草。山风拂过她的发梢，带来阵阵药香。远处传来百姓们的欢声笑语，那是康复者对她的感激。她轻抚着重新焕发光泽的灵蛇杖，知道只要医道五宝尚存，暗阁的阴谋终将在医者仁心的光芒中化为齑粉。