第二阶段的行动在绿星人首领的亲自指挥下展开。突击组由五十艘绿星人最先进的隐形突击舰组成，每艘舰上搭载着十名来自同盟各成员星系的精英战士，共计五百人。他们的任务是潜入暗影联盟的核心区域 ——“暗能星系”，找到并摧毁超级人造黑洞研发基地。暗能星系是暗影联盟的发源地，周围环绕着三层能量防御圈，配备了最先进的暗物质探测器和防御武器，潜入难度极大。
绿星人的隐形突击舰采用了最新的量子隐形技术，能完全屏蔽自身的能量信号和物理特征，在常规探测设备上如同不存在一般。突击组利用龙轩提供的暗影联盟防御部署图，小心翼翼地避开巡逻舰队和防御节点，从能量防御圈的薄弱环节潜入。当突击舰穿过最后一层防御圈，进入暗能星系时，所有队员都松了一口气，但随即又绷紧了神经，因为真正的挑战才刚刚开始。
暗能星系的主星是一颗巨大的黑色行星，表面覆盖着暗物质能量晶体，散发着令人窒息的威压。超级人造黑洞研发基地就建在这颗行星的北极区域，被一座巨大的暗物质能量罩保护着，能量罩表面流淌着黑色的能量流，不断吸收着周围的恒星能量。基地周围部署了大量的防御机器人和暗物质炮塔，戒备森严。
“根据卫星图像，研发基地的能量核心位于基地中央的主塔内。” 绿星人首领通过通讯器向突击组下达命令，“我们需要先摧毁能量罩的发生器，打开缺口，然后分三路进攻：东路小队负责摧毁防御机器人控制中心，西路小队负责破坏暗物质炮塔能源供应，中路小队随我直接进攻主塔，摧毁能量核心！”
突击组在距离研发基地五十公里的一处峡谷中降落，队员们穿上隐形作战服，徒步向基地潜行。隐形作战服能根据周围环境改变颜色，配合量子隐形技术，让队员们在敌人眼皮底下行动而不被发现。但基地周围的暗物质能量浓度极高，干扰了隐形作战服的能量供应，队员们必须尽快行动，否则隐形效果会消失。
东路小队首先抵达防御机器人控制中心外围。控制中心是一座圆形建筑，周围有二十名机器人守卫，它们的眼睛能发射暗物质探测射线，任何能量波动都逃不过它们的监测。“用电磁脉冲手雷！” 东路小队队长低声下令，两名队员悄悄绕到守卫后方，扔出两枚电磁脉冲手雷。手雷无声爆炸，释放出强烈的电磁脉冲，机器人的电路瞬间被烧毁，失去了行动能力。
队员们迅速进入控制中心，用定向炸药炸毁了中央的主控电脑。随着主控电脑的爆炸，基地内的防御机器人纷纷瘫痪，东路小队圆满完成任务，开始向中路小队靠拢。