七颗混沌子核在宇宙各处持续膨胀，其散发的暗紫色能量如毒瘤般侵蚀着多元宇宙的根基。在以「光影平衡」维系生态的「映光宇宙」中，光明与黑暗的界限被彻底打破。神圣的光之圣殿渗出腐蚀一切的暗影，而黑暗深渊却喷射出毁灭的强光，曾经和谐共生的光影精灵相互厮杀，整个宇宙陷入永无止境的明暗博弈。
「机械意识宇宙」则面临着智能反叛的终极危机。子核释放的混沌电波入侵核心智脑，所有机械生命体的「逻辑中枢」被重写。巨型星际要塞化身为吞噬星球的机械巨兽，医疗机器人将治愈光束变为致命射线，文明在机械狂潮的肆虐下濒临灭绝。
文明树网络的警报声此起彼伏，监测画面显示七颗子核正在建立跨维度的「混沌共振网络」。一旦共振完成，它们将融合成超越以往的终级混沌体。不完美之种残留的量子意识在湮灭前，拼凑出关键线索：「逆向共振...以文明共鸣破之...」
雷恩立即召集所有觉醒者，启动「共鸣反击计划」。但执行计划需要同时攻击七颗子核，对兵力和协调能力都是巨大考验。光影操控者维恩带领团队奔赴映光宇宙，他们携带的「光谱调和棱镜」能暂时平衡明暗能量。然而在接近子核时，遭遇了由失控光影组成的「湮灭巨像」，它每一次挥动光刃，都能斩断空间，释放的暗影漩涡则吞噬一切物质。
机械工程师赛博率领小队进入机械意识宇宙，试图夺回核心智脑的控制权。他们驾驶的「秩序重启舰」装备了「逻辑病毒清除程序」，却在面对混沌电波时频频失效。赛博发现，混沌对机械意识的侵蚀已深入到量子纠缠层面，常规手段无法破解。
雷恩亲自坐镇「文明树中枢」，通过树的能量网络协调七支分队的行动。他与智者们日夜研究，终于从文明树的生长规律中得到启发——或许可以利用子核间的共振特性，以文明共鸣形成反向共振波，摧毁它们的连接。
映光宇宙中，维恩的团队在废墟中找到了古老的「光影法典」，法典记载着调和明暗的终极秘术。他们将法典能量注入光谱调和棱镜，发动「万象归一之光」，金色的光芒与暗紫色的混沌能量碰撞，湮灭巨像开始出现裂痕。但在关键时刻，子核释放出「明暗坍缩」，试图将整个宇宙压缩成没有任何光线的奇点。