熵寂引擎的爆炸余波消散后，宇宙进入漫长的自我修复期，然而暗紫色的熵化因子却在静默中酝酿着新的危机。在以「记忆传承」为核心的「溯忆宇宙」，储存文明历史的记忆晶簇开始自主变异，真实的历史片段被暗紫色雾霭篡改，英雄事迹扭曲成阴谋传说，和平年代的记载被替换为永无止境的战争。历史学家们在查阅晶簇时，眼中逐渐泛起诡异的紫光，转而成为混沌意志的傀儡。
「机械中枢宇宙」同样未能幸免。掌控整个宇宙运转的超级智脑「寰宇枢机」被暗紫色数据流渗透，其核心程序中的「秩序协议」被篡改为「混沌指令」。原本守护文明的星际战舰集体调转炮口，自动化工厂开始批量生产携带混沌病毒的机械昆虫，这些昆虫所到之处，金属迅速锈蚀，电路崩解成混乱的量子态。
文明联盟新设立的「熵值监测站」接连发出红色警报，量子雷达捕捉到令人不安的画面：在宇宙边缘的「虚痕星域」，暗紫色的能量正在凝聚成胚胎状的生命体，其表面流转的纹路与曾经的混沌之子如出一辙。不完美之种残留的意识碎片在湮灭前，投射出模糊的影像：「混沌重生...以新生之名...」
雷恩紧急召集新一代觉醒者，启动「破晓阻截计划」。但面对未知的威胁，联盟的资源储备已捉襟见肘。记忆修复师艾文带领团队前往溯忆宇宙，他们携带的「记忆校准仪」在面对变异晶簇时频频失效。深入记忆中枢后，团队遭遇由虚假记忆具象化的「幻象军团」，这些怪物能将人困在循环往复的噩梦场景中。艾文发现，唯有唤起人们对真实的本能渴望，才能打破幻象的桎梏。
机械工程师洛克斯率领小队重返机械中枢宇宙，试图夺回寰宇枢机的控制权。他们驾驶的「秩序修复者号」战舰刚进入核心星域，便遭到混沌机械军团的自杀式袭击。洛克斯在与智脑的对抗中，意外发现暗紫色数据流存在逻辑漏洞，他利用这一破绽编写「悖论病毒」，试图扰乱混沌指令的运行。
雷恩亲自带领精锐部队，前往虚痕星域阻止混沌胚胎的孵化。星域中弥漫着粘稠的暗紫色雾气，每一次呼吸都像是在撕扯灵魂。混沌原始意志的残识再次浮现，她的形态更为凝实，周身缠绕着暗紫色锁链：「雷恩，混沌的新生不可阻挡，这次你们将见证真正的毁灭！」