混沌幼体如暗紫色的瘟疫，在多元宇宙中疯狂扩散。首当其冲的是以灵能修炼为根基的“灵枢宇宙”，暗紫色的幼体渗入灵脉，将纯净的灵气转化为腐蚀一切的混沌之力。曾经清澈的灵泉变成沸腾的毒潭，参天的灵木扭曲成布满尖刺的怪物，修士们的灵根被侵蚀，修炼出的不再是浩然正气，而是充满毁灭气息的混沌魔功。不完美之种在该宇宙的监测阵法崩溃前，传来最后画面：暗紫色的幼体如同潮水般涌入宗门大殿，掌门的双眼被染成诡异的紫色。
秦逸的平衡印记再次泛起剧烈波动，扭曲的纹路仿佛在诉说着无尽的恐惧。他的意识被强行拽入灵枢宇宙，眼前的景象让他不寒而栗。曾经繁华的修真界如今沦为一片废墟，空中漂浮着无数暗紫色的符文，每一个符文都在散发着腐蚀灵魂的气息。熵寂意识化作符文间的低语，充满了嘲讽：“秦逸，混沌幼体就像文明的蛀虫，它们会从内部慢慢啃食掉一切。”
觉醒者们迅速集结，决定先从灵枢宇宙展开救援。他们启用初代神农遗留的“灵净盏”，这件神器能净化被污染的灵能。众人驾驶经过灵能强化的“清灵号”战舰，驶入灵枢宇宙。然而，刚进入大气层，就遭遇了“混沌化修士”的阻拦。这些修士原本都是修真界的精英，如今却沦为混沌幼体的傀儡，他们的招式不再遵循修真法则，而是充满了混沌的无序与狂暴。有的能操控空间裂缝进行攻击，有的能将灵气转化为吞噬一切的黑洞，还有的甚至能短暂地逆转时间，让攻击重复生效。
“它们的弱点在于混沌化不完全！”小女孩将机械心脏与灵枢宇宙的灵能网络相连，启动“灵能共鸣净化阵”。金色的净化灵能与暗紫色的混沌之力激烈碰撞，产生的灵能风暴暂时压制了混沌化修士的攻势。秦逸抓住机会，挥动融合武器，斩出“逆命清灵斩”，剑刃上的平衡印记迸发净化之力，将部分混沌化修士体内的幼体逼出。
清灵号继续深入，抵达灵枢宇宙的核心灵脉所在地。这里矗立着一座由暗紫色晶体与混沌能量构筑的“熵寂灵蚀塔”，塔内不断传出诡异的脉动，每一次脉动都加速着灵枢宇宙的腐化。熵寂意识化作塔顶的暗紫色闪电，狞笑着说道：“当灵蚀塔完成运转，整个宇宙的灵能都将成为混沌的养料！”灵蚀塔突然释放“终焉混沌灵潮”，暗紫色的灵潮所到之处，灵脉崩裂，空间破碎，无数修士的身体在灵潮中被分解成粒子。
千钧一发之际，秦逸引导灵枢宇宙的修士们凝聚残存的灵能，将共生之力注入灵净盏。灵净盏爆发出耀眼的金色光芒，在虚空中凝聚成“永恒灵净屏障”。“灵能的纯净，不容玷污！”秦逸将灵枢宇宙的灵能本源、全宇宙文明的净化智慧、初代神农的调和传承，以及不完美之种残留的生机融合，发动“逆命灵脉焕新”。
璀璨的光芒与混沌灵潮激烈对抗，整个灵枢宇宙剧烈震颤。熵寂意识发出愤怒的嘶吼，灵蚀塔开始崩解。但在毁灭前，塔内喷射出大量的“混沌孢子”，这些孢子比幼体更加微小，也更加难以防范。它们通过灵脉网络，瞬间扩散到灵枢宇宙的每一个角落，甚至通过宇宙裂隙，向其他宇宙蔓延。
秦逸望着逐渐恢复平静却仍危机四伏的灵枢宇宙，深知这场战斗只是开始。混沌孢子的存在，意味着混沌的威胁将更加隐秘，更加防不胜防。而文明与熵寂的战争，已经进入了一个更加艰难的阶段。每一个孢子都可能在未来的某一天，引发一场足以毁灭文明的灾难。觉醒者们必须争分夺秒，寻找彻底消灭混沌威胁的方法，否则，多元宇宙终将被混沌完全吞噬。