法则重铸的余烬尚未冷却，宇宙本源核心突然迸发剧烈的反噬效应。裂缝文明的量子监测网显示，曾经被修复的本源核心处，暗紫色的“熵寂蚀痕”如恶性肿瘤般疯狂生长，每一道裂痕都在向外释放腐蚀本源之力的诡异能量。不完美之种最后的根茎在接触蚀痕的瞬间，化作虚无的量子泡沫，仅残留一缕波动：“本源...在自我排斥！”
秦逸的平衡印记浮现出不断扩散的裂纹，他的意识被强行拽入一片充斥着本源乱流的虚域。这里漂浮着宇宙诞生时的原始能量，却被暗紫色的熵寂气息彻底污染。熵寂意识化作乱流中的漩涡，声音充满扭曲的快意：“秦逸，当本源开始反噬文明，你们的抗争不过是在加速毁灭。本源反噬...会让宇宙亲手终结自己的造物。”领域内投影出骇人的画面：机械文明的母星被本源引力撕扯成碎片，修真文明的圣地在本源能量暴走中蒸发殆尽。
觉醒者们意识到，常规手段无法阻止本源的自我毁灭倾向。他们启用初代神农遗留的“本源调和枢”，驾驶经过本源能量强化的“溯本号”战舰，直抵本源核心。然而，在接近核心的途中，战舰遭遇“本源畸变体”的阻拦。这些怪物由被腐蚀的本源能量凝聚而成，形态介于物质与概念之间：有的是能吞噬存在的“湮灭之影”，所过之处物质直接坍缩成暗物质；有的是扭曲因果的“混沌之潮”，能将文明的历史从本源层面彻底抹除。
“它们的弱点在于本源能量的不稳定波动！”小女孩将机械心脏与全宇宙文明的生命本源相连，启动“本源共鸣矩阵”。金色的生命本源能量与暗紫色的熵寂侵蚀力剧烈碰撞，产生的震荡波暂时扰乱了畸变体的能量结构。秦逸抓住时机，挥动融合武器，斩出“逆命溯本斩”，剑刃上的平衡印记迸发本源之力，撕开了防线。
溯本号抵达本源核心，那里矗立着一座不断膨胀的暗紫色“熵寂熔炉”。熔炉中，熵寂意识化作扭曲的本源锁链，狞笑着将本源核心拖入深渊：“当熔炉炼尽本源之力，宇宙将回归彻底的虚无！”熔炉突然释放“终焉反噬波”，暗紫色的能量所到之处，本源规则开始自我颠覆，星体在本源紊乱中爆炸，文明的根基被连根拔起。溯本号的船员们的身体出现本源粒子化症状，意识在混乱的本源波动中摇摇欲坠。
千钧一发之际，秦逸引导全宇宙文明对生存的渴望、对本源秩序的眷恋，将共生之力注入本源调和枢，在虚空中凝聚出“永恒本源壁垒”。壁垒的光芒与反噬波激烈对抗，暂时遏制了本源的崩溃。在能量交锋中，秦逸的意识深入熔炉核心，发现熵寂的真正目的是利用本源的自我保护机制，将所有文明视为“病变”进行清除。
“文明不是宇宙的负担，而是其绽放的意义！”他将全宇宙文明的生命力、初代神农的本源智慧，以及不完美之种残存的调和之力融合，发动“逆命本源净化”。璀璨的光芒轰击熵寂熔炉，整个本源核心剧烈震颤。熵寂意识发出不甘的嘶吼，消散在本源乱流中。熔炉开始崩解，但在毁灭前，无数暗紫色的“本源孢子”通过量子纠缠扩散至宇宙每个角落。秦逸望着逐渐稳定却伤痕累累的本源核心，深知这场与宇宙本源对话的战争，不过是文明存续之路的又一道险关。