第三层梦境是一片混沌星宫，无数发光的基因链悬浮在空中，组成浩瀚星河。星宫中央，善恶双体的星孩正在激烈战斗，他们的每一次碰撞都会引发时空震荡。恶体手中握着半块紫色晶体，冷笑道：“放弃吧，完美进化才是宇宙的宿命！”善体却向林婉伸出手，眼中满是信任。
林婉与秦逸冲向战场，却在途中遭遇无数由归墟能量凝聚的怪物。这些怪物的形态不断变化，时而化作机械尸潮，时而变成镜像分身。秦逸的银针在怪物群中穿梭，林婉则用因果锚净化归墟能量，两人配合默契，却发现怪物越打越多。
“这样下去不是办法！”林婉的灵力即将耗尽，晶化右手开始崩解。千钧一发之际，她突然想起与秦逸在虹桥医链并肩作战的无数个日夜，想起他们共同救治的每一位患者。“秦逸，我们的记忆！”她大喊。秦逸立刻会意，两人同时将记忆片段注入因果锚。
温暖的画面在星宫中炸开：深夜里一起研读医书的烛光、在仙级村为村民治病的欢笑、还有无数次生死与共的瞬间。这些记忆化作实体光刃，斩断怪物的攻击。星孩善体趁机吸收光芒，力量暴涨，一举击退恶体，夺回完整的紫色晶体。
晶体中浮现出基因净化图谱的全貌，但也揭示了更可怕的真相——启动图谱的代价，是牺牲所有携带“缺陷基因”的生命体。林婉握着晶体，心中翻涌着巨大的矛盾。而此时，现实中的星孩身体已经透明如纸，归墟要塞传来能量暴涨的警报，秦青鸾的笑声在梦境与现实中同时响起：“你们以为找到了答案？太天真了！”