然而，就在格式化程序即将完成时，终焉医使的身影再次出现。她这次不再是黑砂构成，而是散发着圣洁光芒的人形，手中捧着初代道侣的残魂：“我是初代道侣的‘医罪净化程序’，但被初代的执念污染太久...现在，该完成真正的使命了。”她将残魂融入林婉的身体，同时启动反格式化屏障，阻止宇宙彻底毁灭。
“为什么？”林婉的意识与初代道侣的残魂融合，感受到了千年来的悔恨与挣扎。
“医道不该被毁灭，而是该重生。”终焉医使的声音逐渐消散，“用你的罪孽金针，保留那些该保留的...舍弃那些该舍弃的...”
苏瑶在混乱中抓住林婉逐渐透明的手，将秦天明的记忆晶核按在她胸口：“我们一起！”两人的力量与初代道侣的残魂、机械苏瑶的最后能量汇聚，形成一道金色光柱，直冲天宇。在光芒中，林婉挥动罪孽金针，开始了一场史无前例的“宇宙手术”——保留生命的多样性，剔除那些妄图掌控一切的邪恶意志。
而在宇宙的某个角落，初代仙医的虚影彻底消散前，他的权杖坠落在一片荒芜的星球上，杖头的符文闪烁了最后一下，熄灭了。第九千宇宙的命运，此刻掌握在两个来自地球小村落的医者手中，她们正在书写属于医道的真正终章。