林悦在星网中发现了孢子群体意识的核心——一个隐藏在类星体核心的量子思维矩阵。当她冒险潜入时，矩阵突然展开，无数携带孢子意识的数据流如潮水般涌来。这些数据流展示了孢子的终极目标：通过熵增与熵减的交替，将宇宙淬炼为最纯粹的规则能量体，为规则掌控者的回归重塑完美容器。
阿琳被困在熵能装置形成的茧内，感受到孢子正在吸收装置的能量，准备制造能覆盖整个星系的熵变炸弹。她决定孤注一掷，将自己的量子恒星与装置的熵减半球强行融合。当两种力量碰撞的瞬间，茧壳开始龟裂，释放出能分解孢子结构的特殊辐射。但她的身体也承受着巨大的反噬，量子基因链出现不可逆的断裂。
龙玉的反熵能舰队携带新型武器——熵变共振弹，对孢子聚集区发动突袭。这种武器能制造出震荡的熵值波，使孢子在熵增与熵减的快速切换中崩溃。然而，孢子群立刻分化出抗性个体，它们形成防护罩，将熵变波反射回舰队，导致多艘战舰的系统出现混乱。
任婷婷终于在量子海洋深处找到“灵能熵匙”，这件圣物能平衡熵值的极端变化。当她将其激活时，灵能网络中所有被孢子污染的区域都亮起金色光芒。但孢子意识很快做出反击，制造出能吞噬灵能的熵黑洞，试图将灵能熵匙彻底湮灭。
林悦在类星体核心与孢子的量子思维矩阵展开最终对决。她将自己的数据意识转化为不断变异的算法病毒，侵入矩阵的核心代码。经过激烈的攻防，她终于找到了矩阵的致命漏洞——孢子群体意识过度依赖熵值的极端变化，反而忽略了最基础的能量守恒规则。她利用这个漏洞，引发了矩阵的能量暴走。
随着矩阵的崩溃，孢子群陷入混乱。阿琳趁机摧毁了熵能装置上的孢子茧，龙玉的舰队抓住机会发动总攻，任婷婷用灵能熵匙净化残余孢子，林悦则在星网中清除孢子的控制代码。但在这场胜利的背后，所有人都明白：孢子留下的量子熵茧残骸依然在宇宙中飘荡，而规则掌控者的回归倒计时，或许已经悄然启动......