文明调和者重塑宇宙秩序后的第三十年，银河系边缘的“奥尔特星云档案馆”突然响起刺耳的红色警报。这座由三千文明共同建立的知识宝库，其核心数据库的防护屏障出现了蛛网状裂痕，储存着宇宙文明起源的“创世卷宗”正以肉眼可见的速度被篡改。希望号的量子通讯器几乎同时炸响，各个星域的文明代表发来紧急求援，他们的世界接连出现诡异现象：火星殖民地的机械作物开始逆向生长，将金属大棚啃噬成废铁；仙女座某文明的梦境共享网络中，集体浮现出同一个戴着青铜面具的神秘身影。
张楚岚摩挲着融合神器，发现其表面的荆棘纹路正在渗出金色血液。唐鹤童残留的意识碎片在神器中剧烈震颤：“是‘逆熵篡改者’，他们能将文明的历史进程像修改代码般随意颠倒……而这一切，恐怕与当年混沌巨舰核心的‘终末净化程序’残留数据有关。”话音未落，希望号的舰体突然剧烈摇晃，舷窗外的星云扭曲成狰狞的面孔，无数黑色触手穿透空间，缠绕住飞船的引擎。
唐妙兴甩出改良版的“千机锁魂链”，锁链上镶嵌着从三星堆遗址获取的青铜齿轮，每个齿轮都刻着能镇压时空乱流的符文。但触手表面流转的银色数据流瞬间将符文分解，锁链如同融化的蜡油般滴落。“这些触手不是实体！”他瞳孔骤缩，“是被篡改的文明记忆具象化！”
阿玛拉的机械脉络与世界树根系在这场危机中展现出惊人的适应性。她将意识沉入全球生态网络，发现世界树的年轮里开始生长出银色的“时间荆棘”，这些荆棘每生长一分，对应地区的历史就会倒退十年。在古埃及遗址上空，金字塔正逐渐变回建造初期的土坯模样；而在未来科技城，悬浮列车分解成零件，重新组装成蒸汽火车。“必须切断这些荆棘的能量源！”她驱动根系钻入地底，却发现荆棘的根部连接着一个散发着冷光的立方体——那赫然是终焉观测者残留的核心碎片。
诸葛青的混沌八卦盘这次不再旋转，而是凝固成一个不断循环的莫比乌斯环，盘面上用鲜血写着“因果倒置”四个大字。他吐出一口黑血，强撑着解释：“逆熵篡改者正在用‘反因果律’武器，他们不是从现在改变过去，而是让过去从未发生！”他突然扯断衣带，以自身为阵眼，将全球不同文明的历法、时间观念融入术法，试图构建出能抵御因果篡改的“永恒之轮”。
瓦列京的银十字在这场危机中展现出前所未有的异变。十字表面浮现出代表不同文明的守护符号，当他高举圣物时，北欧神话中的守护巨人、华夏传说的四象神兽、古印第安的羽蛇神虚影同时显现。光之军团的战士们将信仰之力注入银十字，光芒所到之处，被篡改的历史片段开始重新拼凑，但每修复一处，就有更多地方出现新的扭曲。