除了档案库，档案馆还设有多个特殊功能区域。在建筑的一侧，有一座独立的圆形建筑，那是 “回溯之厅”。踏入其中，仿佛置身于一个时间的旋涡之中。厅内的墙壁上布满了巨大的时钟齿轮，这些齿轮相互咬合，不断转动，发出沉闷而有节奏的声响。厅的中央放置着一个巨大的水晶球，球体内涌动着五彩斑斓的光芒。当使用者将手放在水晶球上，集中精神回忆某段历史时，水晶球便会将这段历史以全息投影的形式呈现出来，并且可以让使用者身临其境般地感受和观察，仿佛真正穿越回了过去。
而在档案馆的顶层，则是 “启示之室”。这里光线昏暗，弥漫着一种神秘的紫色雾气。室中摆放着一张巨大的石桌，石桌上刻满了复杂的星图与算学公式。据说，当宇宙面临重大危机时，“启示之时” 会自动感应，并通过石桌上的图案与公式给出应对的启示与线索。但这些启示往往晦涩难懂，需要拥有极高智慧与洞察力的人才能解读。
继续深入，沈昭宁还发现了一些隐藏在暗处的小型密室。这些密室的入口极为隐蔽，有的隐藏在书架背后，有的则伪装成普通的墙壁。密室中存放着的，是各个文明中最为机密、最为珍贵的档案，例如某些超级武器的设计蓝图、可以改变时空秩序的神秘技术资料，以及关于古老神明的传说与记载。
建筑表面流动的算学符文此刻突然化作血色，在墙体上勾勒出狰狞的骷髅图案。神秘人留下的路线图正在点钞机中发烫，钞口吐出的纸币边缘焦黑，显现出 “危险将至” 的警告。