昏迷之际，神农氏忽见天地倒转，青帝（春神）乘苍龙而至，手中玉笛吹响，百鸟和鸣。忽见一只黑羽神鸟，喙赤如丹，爪黄似金，衔着一株草本掠过云际——草开紫花如蝶，根色黑亮如玄铁，叶对生如羽。青帝指神鸟曰：“此乃北方水精所化，可解东方木火之毒。”
神鸟飞至神农氏枕边，将草根轻放于其唇间，顿感清凉之气透喉而入，直达丹田。神农氏惊醒，见雨过天晴，山月皎皎，手中竟握着一株与梦中 identical 的草本。他按梦境寻至神鸟落处，见溪边向阳坡地生数丛此草，根块露于土外，色黑如漆，“此必神鸟所示之药！”
取赭鞭击之，鞭身泛出蓝光，“蓝为水色，此草属水，可克肝木之火。”又观草根周围土壤，湿润而黑，“得水之精，故色黑。”遂掘取根块，见断面油润，渗出紫黑汁液，“汁液黏稠，乃肾水之象。”
第三部分：辨色嗅味定阴阳
神农氏席地而坐，取草根细观：根长六寸（合六爻），粗如拇指，表皮有横纹如年轮，共五道（合五行）。他以指甲刮之，渗出津液，置于舌尖——初感微苦，继而回甘，末了有咸涩感，“苦属火，甘属土，咸属水，此草具火土水三气。”
又嗅其气：清苦中带腥甜，“清气属金，苦腥属水，金生水，故气清而味厚。”观其色：根黑（水）、花紫（火）、茎绿（木）、叶青（木），“水火木三色，乃木生火、火生土、土生水之连环。”以赭鞭测其阴阳：鞭头青芒（木）与黑芒（水）交织，“木水相生，阴中含阳。”
取草根嚼服，觉清凉之气沿任脉下行，直达涌泉穴，又沿督脉上行，至百会穴时，脑中轰鸣渐止。“此草入肾经（黑），通任督二脉，能引火归元。”他见手中草根断面渐渐转红，“黑极生红，水极似火，此乃‘寒极生热，热极生寒’之变。”
第四部分：四气五味归经络
神农氏以草根煎水，见汤色墨黑，煮沸后转紫，“黑入肾，紫入心，此草通心肾。”饮下汤药，觉寒气入腹，却不碍脾胃，“性虽寒而不凝滞，此乃‘寒而能散’。”少时，喉间肿痛大减，舌体渐柔，“苦能泄热，寒能清热，故消肿痛。”
他以手指按揉喉结旁“人迎穴”，觉血脉跳动由疾转缓，“此草能降上炎之火。”又按“太溪穴”（肾经），感经气由弱转强，“寒水滋肾，故经气充盛。”取蓍草占卜药性：得“既济”卦（上坎下离），“水火相济，心肾相交，正合此草之性。”
此时有山鹿跛行而至，前腿红肿热痛。神农氏以草根捣敷，见鹿腿肿消痛止，“此草外用亦能清热解毒。”又观鹿毛由枯转润，“黑入肾，肾其华在发，故能润皮毛。”遂在玉简上刻：“此草色黑，得水之精，能滋阴降火，解毒消肿。”