公元1187年九月，八十一岁的赵构身染重病，赵眘几次到德寿宫探病。十月初一日，赵构康复，赵眘很高兴，大赦天下，熟料，赵构这是回光返照，三天后又不行了，赵眘听闻，罢朝到德寿宫侍疾，初八日，赵构驾崩。
赵构主动退位，悠哉悠哉地享受了二十六年太上皇的滋味，既前无古人，也后无来者。赵构驾崩前，遗诏太上吴皇后改称“皇太后”。
赵眘对赵构的死，表现出异乎寻常的悲痛，他对宰相王淮道：“朕不打算“用月换年”的古制（即守丧三年换成守丧三月），而要效仿晋武帝、魏孝文帝，确实施行三年守丧制度，这不会妨碍听政，司马光的《资治通鉴》记载很详细。”
王淮等很吃惊，回奏道：“《通鉴》所载，晋武帝虽然有这个意向，但是后来只在宫内穿‘深衣’，戴‘练冠’而已。”
赵眘说道：“当时群臣不知顺承晋武帝的美意，因此遭司马光讥讽。这事从我做起，也未尝不可啊！”赵眘开始守丧的同时下诏，让礼官讨论此类仪式制度上报朝廷。十八日，群臣五次上表，请赵眘御正殿垂拱殿听政，赵眘手批，等一个月后再说。
十一月初二日，赵构的“大祥”祭礼之后，赵眘开始头戴白布纱帽，身穿白布袍，腰扎黑皮带上延和殿听政。到德寿宫则改穿麻衣丧服，手持丧杖。同日，赵眘下诏，让皇太子赵惇参决政务。但凡皇帝让太子参与处理政事，都是交权的前奏。因此赵惇的道德老师左谕德尤袤对赵惇道：“储君之位，仅限于侍膳、问安，不宜处置外事。有时太子抚军、监国，从汉以来，也只是权宜之计。事权不一，是朝廷大忌，请殿下上表恳辞！”
第二天，赵惇三辞参决政务，赵眘不许！初四日，赵眘率文武百官到德寿宫举行禫祭（解除丧服的祭礼），之后，百官脱下丧服。初七日，群臣又三次上表，请赵眘到垂拱殿听政，赵眘却又推辞说，等祔庙（将已故皇帝神主牌位安放在太庙）后再说。也就是说，群臣都脱了丧服，唯有赵眘，依然戴着白帽、穿着白布袍，系着黑皮带，继续以服丧的形式处理国事。
公元1188年正月初一日，赵眘到德寿宫向赵构的灵座行礼。皇太子赵惇推辞多次处理政务，未获赵眘批准，正月初二日，正式开始到议事堂协助皇帝处理政务。
三月，赵构安葬于永思陵，用尤袤的提议，上赵构庙号“高宗”，用翰林学士洪迈建议，吕颐浩、赵鼎、韩世忠、张俊配飨高宗庙廷，这是文臣武将死后的最高荣誉。
四月，高宗神主祔于太庙。此前，赵眘答应群臣，神主祔庙，再考虑御正殿听政，如今高宗神主已经祔庙，赵眘未等群臣开口，却先行下诏道：“朕以前下过诏书，说要服丧三年，群臣多次上表请求御正殿、换丧服。为不耽误政事，朕因此穿布衣在内殿处理政事。虽然答应过祔庙后勉从群臣所请，然而考究典礼，朕还是于心不安，三年服丧，实为古制。群臣应该体谅朕的用意，不要再规劝了！”