朱熹每日查访民情，到州县巡行考察，单车独行，不带随从，所到之地，人们都不知道他的身份。郡县的官吏害怕他的严峻的作风，有的甚至弃官离去，辖区之内，秩序肃然。有人毁谤朱熹，说他政务荒疏，赵眘对王淮道：“朱熹政绩果然大有可观。”
皇帝的印象改观了，可宰相王淮对他又有意见了。朱熹在浙东才几个月，有官员举报知台州唐仲友不法，朱熹经过核查属实，即上疏弹劾唐仲友。唐仲友是宰相王淮的姻亲，此时正受吏部尚书郑丙、侍御史张大经推荐，打算升江西提点刑狱。朱熹这么一捅，唐仲友还怎么升官，王淮藏着朱熹奏章不上报赵眘，朱熹来了倔劲，连接上疏六次，王淮一看，保不住了，将唐仲友新升的官罢免了，转手送给了朱熹。朱熹一看王淮不怀好意，又“乞祠”不干，这时，郑丙和监察御史陈贾又指责朱熹的“道学”是伪学，朱熹重新做了五年“祠禄官”。
公元1187年，周必大做右相，重新推荐朱熹为江西提点刑狱，朱熹以有病推辞，朝廷不准，朱熹不得已上任。第二年，王淮罢左相，朱熹入朝面圣，当时赵眘身边有内侍甘昪弄权，朱熹极力劝谏，赵眘道：“甘昪是太上皇推荐的，说他有才啊！”
朱熹道：“小人无才，怎能鼓动人主？”赵眘认为他忠诚，命他为兵部郎官。朱熹以脚病“乞祠”。恰兵部侍郎林栗反对“道学”，自然也看朱熹不顺眼，赵眘各打五十板，林栗罢为知泉州，朱熹以秘阁修撰身份做“祠禄官”。
光宗即位，朱熹知漳州，后改知潭州（湖南长沙）。宁宗即位，在赵汝愚推荐下，召朱熹为焕章阁待制，侍讲，朱熹推辞，朝廷不许。朱熹面圣后面辞，宁宗道：“爱卿经术渊源，正符合待制、侍讲之职，就不要推辞了，辜负了朕崇儒重道的本意！”宁宗话说这份上，朱熹就不好意思再辞了。
当初宁宗即位，韩侂胄有大功，朱熹多次提醒宁宗，谨防韩侂胄用权害政。仅仅四十多天后，宁宗在韩侂胄的怂恿下，直接御批朱熹为“祠禄官”。朱熹想以疾病为由退休，逃出是非之地，宁宗不同意。
不久，韩侂胄当权，朱熹苦日子也就来临了。不久相继发生“庆元党禁”，朱熹为了自己完成最后着作，咬牙承认了部分罪责，名声一落千丈，这事以后再细讲。朱子门人或遭流放，或被下狱，被整得七零八落。