张俊私设公堂，向张宪严刑逼供，毫无结果之下，将张宪移交大理寺。大理寺奉秦桧命，决定逮捕岳飞父子，以证实张宪谋反。
十月十三日，岳飞被投入大理寺狱中，此前岳云也已下狱。秦桧命御史中丞何铸、大理寺卿周三畏审讯。面对何铸等人的审讯，岳飞很坦然，并袒露出背上刺字“尽忠报国”四大字给何铸看，何铸见此，为之动容。何铸查得岳案冤情，如实禀告朝廷，说岳飞是无辜、冤枉的！秦桧却很不高兴地道：“这是上（赵构）意也！”
秦桧改命万俟卨主审，万俟卨将王俊的诬告状等摆在岳飞面前，喝问道：“国家有何亏负，你们三人却要造反？”
岳飞义正言辞地回答道：“我岳飞对天盟誓，无负于国家。你们既掌正法，且不可陷害忠臣。否则，我就是到了阴曹地府，也要和你誓不干休！”
万俟卨又道：“你既然不反，记得有天游天竺，你在墙壁上题诗‘寒门何载富贵’么？ ”
一起审讯的人立即附和道：“既出此题，岂不是要反么！ ”
岳飞悲愤难当：“我这才知道，落入秦桧国贼之手，我忠心为国，付之东流！”此后便不再抗辩，任凭狱卒拷打。万俟卨等用尽手段，岳飞也宁死不自诬，乃至以绝食抗争，经其子岳雷照顾，才勉强支撑下来。这个审问过程，是《三朝北盟会编》的记载。
而《宋史.岳飞传》记载，万俟卨主审时，污蔑岳飞给张宪写信，要张宪虚报边关预警，以期惊动朝廷；岳云给张宪写信，要他设法让岳飞回去掌兵，因毫无证据，就说书信都被张宪焚毁了。审了两个月，没有进展。万俟卨就拿岳飞“不救淮西”说事，逼孙革等人证明岳飞受诏后逗留不救，命元龟年取“行军日记”佐证，终于附会成冤狱。
《宋史.秦桧传》则记载，万俟卨等人污蔑岳飞曾自己说过“己与太祖皆三十建节”，指斥乘舆（骂皇帝），受诏“不救淮西”。
大家可以比较一下，三处记载所谓“岳飞的罪名”，都大不相同，为什么会不相同？因为无中生有啊！可见，岳飞何罪之有？
十一月初七日，宋金达成“绍兴和议”，但岳飞始终未能被释放。
大理寺丞李若朴、何彦猷，大理卿薛仁辅与万俟卨竭力争议，认为岳飞无罪，均遭罢官处分。宗正卿赵士?以全家百口担保岳飞无罪，也遭万俟卨弹劾而革职并逐出临安。文士智浃、布衣刘允升、范澄之等也分别上书为岳飞申冤，但都受到株连，刘允升被下大理寺处死，智浃、范澄之后来都死于流放地。