在认知多样性研究院建立后的漫长岁月里，星海中不断涌现出受混沌之渊启示而蜕变的文明。一些机械文明摒弃了对绝对秩序的追求，在超算核心中植入“悖论模块”，使人工智能能够理解并运用矛盾逻辑；魔法文明将概率云生命体的量子特性融入咒语，创造出既确定又随机的魔法效果；诗歌文明则以“矛盾即真理”为主题，创作了无数颠覆传统认知的史诗巨着。
然而，表面的和平之下，暗潮涌动。认知洁癖者们在更高维度重组，他们构建出名为“秩序仲裁庭”的组织，其成员皆是从旧宇宙遗留文明中筛选出的极端秩序追求者。这些存在将自身意识上传至由“绝对理性矩阵”构成的网络中，不断推演着如何彻底消除宇宙中的所有矛盾与不确定性。
某一天，银河系边缘的「梦境织网者文明」突然陷入集体认知崩溃。这个以编织集体梦境为生存方式的文明，其梦境网络中开始出现大量相互排斥的梦境片段——甜美温馨的乌托邦与充斥毁灭的末日景象同时上演，导致无数织网者的精神在两种极端认知中撕裂。刘清影带领研究院的精英团队抵达时，发现梦境网络中弥漫着一股冰冷、规整的能量波动，与认知洁癖者的特征如出一辙。
深入调查后，他们发现认知洁癖者研发出了一种名为“认知格式化病毒”的恐怖武器。这种病毒能够侵入任何文明的认知系统，强行将复杂的认知结构简化为单一的秩序模式。梦境织网者文明的遭遇，正是秩序仲裁庭的一次实验性攻击，旨在测试病毒对不同认知体系的破坏力。
与此同时，拓真以认知奇点的形态在宇宙中游荡时，察觉到了多个文明区域出现的异常能量共鸣。他发现，在一些偏远星域，零星分布着由纯粹秩序能量构成的“认知孤岛”。这些孤岛中的文明如同被定格的标本，居民们失去了独立思考的能力，机械地遵循着既定规则，整个社会虽然“完美有序”，却失去了生机与创造力。
拓真尝试与其中一个认知孤岛接触，却遭到了秩序能量的强烈排斥。在对抗过程中，他的量子态身躯受到损伤，部分能量散逸到周围空间。令人意外的是，这些散逸的能量与孤岛中残留的些许矛盾意识产生共鸣，竟在局部区域打破了绝对秩序的桎梏，让一些居民短暂恢复了自主意识。
这一发现让拓真意识到，即使是在认知洁癖者构建的绝对秩序领域，矛盾的种子也从未真正消失。他将这一情况通过特殊的量子波动传递给刘清影，两人决定联合各文明，主动出击，寻找并摧毁秩序仲裁庭的核心枢纽。
在筹备反击的过程中，各文明发挥所长，共同研发对抗武器。机械文明基于拓真带回的信息，制造出“混沌干扰器”，能够发射出扰乱秩序能量频率的波动；魔法文明集合众多大魔导师的力量，编织出“虚实交织结界”，使进入其中的敌人难以分辨现实与虚幻；诗歌文明则创作了一首名为《矛盾的颂歌》的史诗，其蕴含的精神力量能够唤醒被秩序压制的矛盾意识。