卡利古拉曾将埃及总督奥卢斯·阿维利乌斯·弗拉库斯（Aulus Avilius Flaccus）罢免，任命了赫罗德·阿格里帕（Herod Agrippa），后者是巴塔尼亚（Batanaea）和特拉科尼提斯（Trachonitis）的总督，并且是卡利古拉的私人朋友。
弗拉库斯曾图谋反对卡利古拉的母亲，并与埃及的分裂分子有联系。
38年，卡利古拉突然派阿格里帕前往亚历山大港调查弗拉库斯的情况。
根据斐洛（Philo）的记载，阿格里帕的到访遭到了希腊居民的嘲笑和讥讽，他们将阿格里帕视为一个浮夸的“犹太王”。
在斐洛的描述中，一群希腊人闯入犹太会堂，竖起了卡利古拉的雕像和祭坛，违反了犹太的宗教法。
弗拉库斯的回应是宣布犹太人是“外来者和异邦人”，并将他们从亚历山大港的五个区中赶出，只允许他们居住在其中一个区，并且生活在极其恶劣的条件下。
斐洛详细描述了亚历山大港的希腊人对犹太人实施的各种暴行。
卡利古拉追究了弗拉库斯对骚乱的责任，将他流放，最终处死了他。
39年，阿格里帕指控他的叔叔赫罗德·安提帕斯（Herod Antipas），加利利（Galilee）和佩雷亚（Perea）的四分领主，企图与帕提亚（Parthia）联合反抗罗马统治。
赫罗德·安提帕斯承认了这一指控，卡利古拉将他流放，并将他的领土奖励给了阿格里帕。
40年，亚历山大港再次爆发了犹太人和希腊人之间的暴动，犹太人因拒绝将皇帝视为神明而被指控侮辱他。
在犹太城市贾姆尼亚（Jamnia），当地的希腊人建造了一个低劣的帝国崇拜祭坛，试图挑衅犹太人；犹太人立即将其拆除。
这一行为被解读为叛乱的举动。
对此，卡利古拉下令在耶路撒冷的犹太圣殿（Jewish Temple of Jerusalem）中竖立自己的雕像，这一举措对罗马来说是政治行为，但对于犹太人来说则是亵渎，与犹太的独一神教相冲突。