安条克四世随即对亚历山大港展开围攻，但因未能攻下该城，在冬季来临的公元前169年9月撤离埃及，留下托勒密六世作为其傀儡王在孟斐斯（Memphis）统治，并在佩卢西昂驻军。
两个月后，托勒密六世与托勒密八世和克利奥帕特拉二世和解，返回亚历山大港。
复辟的政府否定了托勒密六世与安条克四世达成的协议，并开始从希腊招募新兵。
作为回应，安条克四世于公元前168年春季再次入侵埃及。
官方称，这次入侵是为了恢复托勒密六世对其弟弟的统治地位。
安条克迅速占领了孟斐斯，并在此加冕为埃及王，随后进军亚历山大港。
然而，托勒密王朝在冬季期间向罗马请求帮助，一支由盖乌斯·波皮利乌斯·莱纳斯（Gaius Popillius Laenas）领导的罗马使团在埃勒乌西斯镇（Eleusis）拦截了安条克四世，迫使其接受和解协议，从而结束了这场战争。
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两位兄弟与克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）的联合统治在战争结束后立即继续。
然而，埃及军队的彻底失败严重损害了托勒密王朝的声望，并在托勒密六世与托勒密八世之间造成了永久性的裂痕。
公元前165年，具有本土埃及人背景的显贵朝臣狄奥尼修斯·佩托萨拉皮斯（Dionysius Petosarapis）试图利用这一冲突来控制政府。
他来到体育场，向亚历山大港的民众宣称托勒密六世正策划暗杀托勒密八世。
托勒密六世成功地说服了他的弟弟，相信这些指控是虚假的，两位国王共同出现在体育场，缓解了危机。
狄奥尼修斯逃离了城市，并说服一些军队叛变。
接下来的一年中，费尤姆（Fayyum）地区发生了激烈的战斗。
同时，在底比斯地区（Thebaid），又爆发了一场显然无关的叛乱，这是本土埃及人反抗托勒密统治的最新一次起义。
托勒密六世在帕诺波利斯（Panopolis）经历了一场苦战后成功平息了叛乱。
由于前几年的冲突，许多农田被遗弃，威胁到政府的农业收入。
公元前165年秋天，托勒密王朝发布了一项名为《农业法》（On Agriculture）的王室法令，试图强迫农地恢复耕作。