许多参议员反对对凯撒做出任何让步，但许多人也对庞培表示不信任，他在这一时期因“软弱和无效的领导”而受到批评。
公元前49年1月1日，凯撒发出最后通牒，要求接受他的妥协，否则他将“为国家的冤屈”进军罗马。
由于他们自信于自己的军力明显超过凯撒，参议院在公元前1月7日宣布凯撒为公敌。
四天后，凯撒跨越了鲁比孔河（Rubicon），进入意大利。
---
战争开始时，凯撒是一个没有海军且只有三支不足编制的军团的叛乱者，而庞培则得到了罗马国家的所有资源以及他在东部的客户的支持。
然而，他的处境并没有看上去那么强大，因为他仅仅是参议院的顾问，参议院中许多成员要么更倾向于谈判解决，要么对他和凯撒持有同样的怀疑态度。
他的军事战略必须得到执政官的批准，而他只能提出建议，这些建议并不总是被采纳。
例如，西塞罗（Cicero）拒绝了他寻求招募援助的请求，卡托（Cato）拒绝接管西西里岛的指挥，这对于控制罗马的粮食供应至关重要。
为防御意大利的计划被凯撒快速的行动打乱，凯撒几乎没有遭遇抵抗地直接向罗马推进。
尽管庞培的军队数量较多，但凯撒的部队是经验丰富的退伍军人，而庞培的许多士兵则是新兵，这一弱点因缺乏协调而加剧。
卡托的姐夫、保守派领袖卢修斯·多米提乌斯（Lucius Domitius）在对科尔菲尼姆（Corfinium）的绝望防御中被围困并被捕，他的名士兵被并入凯撒的军队。
由阿西尼乌斯·波利奥（Asinius Pollio）领导的这些士兵后来被用来占领西西里岛。
庞培放弃了罗马，命令所有参议员和公职人员陪同他向南撤退到布伦迪西乌姆（Brundisium）。
随后，他将军队通过亚得里亚海运输到塞萨利的迪尔拉基翁（Dyrrhachium），这一行动几乎完全成功。
由于缺乏船只追击他，凯撒首先通过征服西班牙（Hispania）中的庞培军队来确保自己的后方，然后在公元前49年12月返回罗马。