柯南和世良真纯一起找到了被绑架的约翰社长，回去后却得到消息，阿兰会长失踪了。
他是十五年前那那个赞助商绑架案时，在任的FBI局长。柯南马上推测出，这很可能是十五年前那个案件的报复。
列车因为中午的医院超导事件，上面决定磁悬浮列车首发不载人。本来的首发乘客们，全部改乘新干线去芝滨站。
但大家可以在首发的站台上观看列车发车。
柯南踢出烟花，转移了别人视线的时候，和世良真纯一起冲进了超导磁悬浮列车打开的车门里。车门关上，列车启动了。
列车里，柯南和世良真纯走进一节节车厢，开始查看起里面的情况。
“要是阿兰会长不在列车上，咱俩可不是挨一顿骂就完事了。”世良真纯走在车厢过道上，左右看着。
柯南抬头动了动鼻子，开口说道：“你闻，这里有什么味道？”
“什么？”正这时，世良真纯脚地上踹到了什么，一支笔飞了出去。
柯南隔着手绢捡起笔：“这是阿兰会长的。”
“诶？真是他的吗？”
“对了，你在机场看到的犯人，他的行李车上，有几个行李箱？”柯南回头看向世良真纯。
世良真纯凝神回忆：“两个，而且是两个一样的箱子。”
柯南回忆起装走约翰社长的箱子，是拉链式的，他摸了摸地毯，确认了闻到的酸甜味道，打开了手表上的红外线。
顺着和光产生反应的绿色轨迹，确认了营养饮料粘到了行李轮上。
两人顺着轨迹继续往前。
突然，后面远处似乎传来了一声枪响。
柯南拿着手机：“我们现在会尽快找到阿兰会长。”
“柯南。”世良真纯喊了一声，“刚才那是枪声吧？而且是栓动式步枪。能不能告诉我，从刚才开始，你一直电话在联系的是谁？”
“暂时能算自己人的家伙。”柯南转回头，挂断了电话，再次拨通了另一个手机号码。
那边接通以后，柯南没有打招呼，直接说道：“一会儿听讯号，就可以拨打电话了。”
电话那头，安室透看了眼旁边的风见裕也，打了个响指：“调出全部乘客电话名单，准备好。”
又一扇列车厢门打开，柯南和世良真纯已经到了最前面的商务舱。
世良真纯拉开饮料轨迹最后消失的舱门，就看到了里面那个行李箱。
两人打开箱子，把里面的阿兰会长救了出来。