珊瑚礁生态系统，班达海以珊瑚礁生态系统闻名，拥有丰富的珊瑚和鱼类。这里栖息着大约600种造礁珊瑚，占全球总数的3/4，是海洋生物多样性的中心之一。鱼类中包括拿破仑濑鱼、金枪鱼等大型鱼类，以及成千上万种小型鱼类和热带观赏鱼。
微距生物中有迷幻襞鱼，班达海安汶岛附近是迷幻襞鱼的栖息地，这种鱼类因稀有和独特的花纹而备受微距摄影爱好者的青睐，尽管难得一见，但仍是潜水者心中的“圣物”。
班达海也是多种鲸鱼和海豚的栖息地，尤其是季节性迁徙时，可以看到它们在开阔海域活动。
这里拥有独特的海山生态系统，班达海还拥有一些深海海山，这些区域是浮游生物和深水鱼类的聚集地，形成了独特的生态群落。
班达海的海洋生物种类繁多，从顶级捕食者如锤头鲨，到美丽的魔鬼鱼和珊瑚礁鱼类，再到稀有的迷幻襞鱼，都展现了这海域的生态奇迹。此外，这里远离陆地，人类活动比较少，生态保护相对较好，是潜水爱好者和生态研究者的理想之地。