遣散宦官，予以安置。
结束儒门体系下的科举制度，统一改为道门大考。
取消奴仆贱籍，允许雇佣仆役。废除一夫一妻多妾制度，实行一夫一妻制度，在此办法正式施行之前纳妾者，去留随意。
废除内阁、六部等机构，统一归金阙、九堂领导。
其他衙门进行改制，参照地方官府改为同道府，由紫微堂统一督导。
原朝廷官吏经过紫微堂甄别考核之后，身份清白且考核优异者可以留用，赐同道士出身，不合格者，勒令辞职，没有任何情面可讲。
废除“客栈”和青鸾卫，追究部分人的罪责。
追究战犯责任，无论皇室、宗室、勋贵、官员，最高处以极刑。
还有需要补充或者解释的地方，以太上议事的决定为准。
同时齐玄素也赦免了部分皇室中人，比如秦权翊、秦衡华等，虽然剥夺了他们的亲王和公主爵位，但是允许他们保留住宅和私人财产，秦权翊被授予二品太乙道士身份，允许他竞选太一道参知真人之位，秦衡华被授予四品祭酒道士身份，被划归太平道。
秦权翊决定与多年的老相好石冰云正式结成道侣。
秦衡华明面上不敢表示什么，却偷偷哭了几回，小殷还登门看望了，只是两人之间难免尴尬，毕竟我爹杀了你爹，虽然都不是亲爹，但也很难说。
秦凌阁流放罗娑洲，由齐教正看管，其所持仙物收归紫霄宫。一并被收归紫霄宫的还有“定日针”“太阿剑”“传国玺”“赶山鞭”“天子六玺”“朱环”等等。
原齐王秦卓殊被流放南婆罗洲，由林元妙看管。
原琅琊郡王被流放西域，由龙小白看管。
秦权涣此时早已在昆仑道府服刑，不必再议。
太后在得知秦权殊的死讯之后，选择自尽，她是李家的贵女，又嫁给大玄的皇帝，儿子也是大玄皇帝，一直都是天底下最尊贵的女人之一，不愿意沦为阶下囚，自己给了自己一个体面。
毕竟齐玄素是绝不可能赦免她的。不过齐玄素仍旧让李若水给太后收尸，允许将其葬入李家的祖坟，而不是与大玄皇帝合葬。
倒是秦无病得益于自家老父亲早早加入了三教大议，且念其长期驻守边疆有功，非但没有被追责，反而被授予二品太乙道士的身份，允许竞选太一道参知真人。