刘福通是颍州（今安徽界首）人，韩山童是河北永年人。两人一直在北方地区秘密传教，石人挖出，时机已经成熟。至正十一年五月初，韩山童、刘福通聚众三千人于颍州颍上，杀黑牛白马，誓告天地，准备起义。
刘福通宣称韩山童为宋徽宗八世孙，当为中国主，并自称南宋名将刘光世后代，当辅之。韩山童发布文告，打出“虎贲三千，直抵幽燕之地；
龙飞九五，重开大宋之天”的战旗，表示推翻元朝，恢复大宋的决心。这次起义因事前泄密，遭到官府的围剿，韩山童牺牲。
其妻杨氏、子韩林儿逃到武安（今江苏徐州）。刘福通突围后把起义群众组织起来，一举攻克颍州（今安徽阜阳）。因起义军头裹红巾，故称“红巾军”；
起义军多为白莲教徒，烧香拜佛，故又称香军。红巾军占领颍州后，元廷遣枢密院同知赫厮、秃赤率阿速军及各路汉军前往镇压，被红巾军击败。接着，红巾军占领亳州、项城、朱皋。九月，克汝宁府，又克息州、光州，人数已达十余万。
“众至十余万，元兵不能御。”当时社会上流传着这样一首诗：“天遣魔军杀不平，不平人杀不平人，不平人杀不平者，杀尽不平方太平。”
反映了元朝统治下的阶级对立和民族压迫的社会现实，红巾军所到之处，开仓散米，赈济贫农，深得人民拥护。群众纷纷加入红巾军，队伍迅速扩大到几十万人。
在红巾军的影响下，全国各地农民纷起响应。人数较多的有蕲水（今湖北浠水）的徐寿辉部、萧县（今属安徽）的芝麻李部、南阳（今属河南）的布王三部、荆樊的孟海马部、濠州（今安徽凤阳）的郭子兴部等。
为推翻元朝的反动统治，起义军提出以“明”斗“暗”（“明”指起义军；“暗”指元朝统治）的口号，鼓舞群众向封建官府作斗争。
北方红巾军从(1355年) 开始主动出击。刘福通将韩林儿迎至亳州（今今属安徽），立韩林儿为“小明王”，国号“大宋”，年号“龙凤”，建立了北方红巾军政权。刘福通任枢密院平章，不久，任丞相。
明朝时人认为是宋朝仁政遗德所致。后移都河南汴梁。红巾军坚持战斗十二年之久，从根本上动摇了元朝政权，为后来明朝的建立打下基础。